大连医科大学附属第二医院擅长心血管内科、呼吸内科、普外科、神经外科、儿科等。这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管内科
大连医科大学附属第二医院心血管内科是省临床重点专科，作为心血管内科的技术力量核心，擅长复杂、重症冠心病心绞痛的介入治疗、急性心肌梗死的急诊介入治疗、冠心病危重急症的监护、抢救和治疗等，成为国家冠心病介入诊疗培训基地、大连市心血管医疗质控中心。同时率先开展主动脉瓣狭窄的经导管主动脉瓣置换术，是东北三省最早开展TAVR手术的单位之一，成为东北TAVR联盟大医二院TAVR治疗中心。
2、呼吸内科
大连医科大学附属第二医院呼吸内科是省临床重点专科，近年来开展呼吸内镜诊断和介入治疗新技术，2015年开展超声支气管镜引导穿刺技术，2017年开展内科胸腔镜检查技术，极大提高了肺癌、结节病、肺结核、胸膜间皮瘤等疑难疾病的诊断与治疗水平。应用全肺灌洗技术治疗肺泡蛋白沉积症，应用硬质气管镜结合软质支气管镜、冷冻、电切等技术治疗良性气道狭窄等。
3、普外科
大连医科大学附属第二医院普外科是国家临床重点专科。拥有两个病房，72张床位，设有一个省高校重点专科中西医结合临床研究室和一个实验室，是外科硕士点和中西医结合临床博士点。除治疗常见病及疑难病外，自92年正式开展肠外营养治疗，用于治疗重症胰腺炎、高位肠瘘及危重症等病人，取得了满意疗效，明显提高了抢救成功率。
4、神经外科
大连医科大学附属第二医院神经外科是省临床重点专科。科室拥有各种先进的手术设备，几乎可以开展各种神经外科手术，颅底手术被学术界认为是神外手术皇冠上的明珠，对术者的解剖和手术能力要求最高，而颅底脑干手术又是颅底手术中最难的“珠穆朗玛峰”，甚至在很长一段时期内被认为是手术生命禁区。在神经内镜、显微神经外科与神经导航结合微创手术平台方面比较优秀，是全市最早开展显微神经外科手术的科室。
5、儿科
大连医科大学附属第二医院儿科是辽宁省及大连市重点专科，儿科病房除了儿童常见病：如肺炎（尤其重症肺炎）、腹泻合并脱水外。主要以收治各种疑难重症患儿为特色：包括血尿、蛋白尿，肾炎，IgA肾病、难治性肾病及遗传性肾病等肾脏疾病；系统性红斑狼疮、川崎病、过敏性紫癜、紫癜性肾炎等风湿免疫性疾病。开展小儿肾活检术、透析治疗及分子制剂等靶向治疗。率先在市内开展生长激素缺乏症、性早熟的诊断及治疗。
