商丘市第一人民医院擅长消化科、内分泌科、眼科、病理科、检验科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、消化科
商丘市第一人民医院消化科是商丘市医学重点学科，是豫东地区重要的临床医疗中心之一。结合科内先进的胃肠镜、胶囊内镜检查技术及常规开展的多项内镜下治疗技术，尤其在诊治急性重症胰腺炎、消化道出血等方面的水平已达省内先进水平。与介入科联合常规开展肝穿刺活检术、肝动脉造影及肝动脉栓塞化疗术等，均填补了本市空白，在省内也居于地市级医院的先进行列。消化内镜室开展了无痛胃肠镜、消化道息肉切除术等技术，多项技术已达省内先进水平。
2、内分泌科
商丘市第一人民医院内分泌科是河南省医学重点（培育）学科，是商丘市临床医学重点学科。科室常规开展胰岛素、生长激素、糖皮质激素等的实验室诊断及相关辅助检查。特色诊疗有甲状腺机能亢进症的碘131放射治疗、矮小症的规范化诊断治疗、糖尿病肾病的中西医结合治疗等。科室对糖尿病及各种内分泌代谢性疾病均有深入的研究，具有成熟规范的诊疗经验，在河南省及周边区域具有较高知名度，已成为豫鲁苏皖交界区域性内分泌、代谢性疾病诊疗中心。
3、眼科
商丘市第一人民医院眼科是河南省医学重点(培育)学科，是集临床、教学、科研、预防为一体的先进眼科诊疗中心、“全国协同医疗示范工程”眼科基地。科室拥有进口莱卡及蔡司手术显微镜、全自动视野机等先进设备，开展新技术、新业务20余项。诊疗范围包括角膜病及结膜病诊治、眼睑及眼眶肿物的治疗、泪道疾病等。系统的开展白内障超声乳化人工晶体植入术、小切口囊外摘除人工晶体植入术、准分子激光治疗近视、青光眼早期筛查及手术等。
4、病理科
商丘市第一人民医院病理科是河南省免疫相关疾病医学重点（培育）实验室，目前是豫东地区技术力量最雄厚、设备最先进的综合型科室。科内专业人才济济，先后赴北京协和医院、复旦大学肿瘤医院等进修学习，在临床肿瘤病理领域有较高的病理诊断水平。科室擅长肿瘤病理诊断，尤其妇科肿瘤病理、软组织肿瘤病理、淋巴造血组织病理、消化道肿瘤病理、泌尿系统肿瘤病理、神经系统肿瘤病理等具有较高诊断水平。
5、检验科
商丘市第一人民医院检验科是河南省免疫相关疾病医学重点（培育）实验室，为商丘市医学重点学科、商丘市卫生局临床检验中心挂靠单位。并获得“河南省临检中心实验室管理先进集体”称号、“十佳科室”等荣誉称号。科室下设临床生物化学实验室、临床免疫实验室等7个专业实验室和中心实验室，配有先进大型设备，除开展常规检测项目外，还开展过敏原检测、抗核抗体15项检测等项目。