牡丹江妇科比较好的医院有牡丹江医学院附属第二医院、牡丹江市第二人民医院、牡丹江市第一人民医院等。其中，牡丹江医学院附属第二医院妇产科为牡丹江市级重点科室，具有牡丹江地区最先进的医疗设备。牡丹江市第二人民医院妇产科是医院重点建设学科，为黑龙江省首批挂牌的“爱婴医院”。牡丹江市第一人民医院妇产科承担省市级科研项目共10余项，取得了显著的成果。
第一名：牡丹江医学院附属第二医院-妇产科
牡丹江医学院附属第二医院妇产科为牡丹江市级重点科室，具有牡丹江地区最先进的医疗设备，人才济济，技术力量雄厚，可以达到国内最先进的医疗诊断及治疗措施。可以完成妇科最先进的微创手术，如腹腔镜下全子宫切除术、卵巢瘤手术、异位妊娠手术，均达到牡丹江地区最先进的水平。同时可以完成产科中的妊娠高血压疾病、心脏病、糖尿病、血小板减少症、妊娠期肝内胆汁淤积症等一切合并症及并发症的处理，具有会诊快、抢救快的优点，使得患者更加放心和信赖。
第二名：牡丹江市第二人民医院-妇产科
牡丹江市第二人民医院妇产科是医院重点建设学科，为黑龙江省首批挂牌的“爱婴医院”。通过电子阴道镜、病理学检查、超声对宫颈疾病进行系统规范的诊断治疗。运用彩超、CT、MRI等先进检测手段，使妇科肿瘤得以早期发现、早期手术，有效延长生命。产科擅长处理妊娠合并急危重症以及疑难内外科合并症，保护高危孕产妇的健康，降低了孕产妇和围产儿死亡率。
第三名：牡丹江市第一人民医院-妇产科
牡丹江市第一人民医院妇产科分为妇科和产科，承担了该市主要的妇科疾病特别是妇科疑难、危重病例、各种良恶性肿瘤的诊断治疗工作。近年来随着腔镜微创手术技术的不断提高、手术设备的不断更新，目前绝大多数的妇科良性肿瘤、以及其他常见的妇科疾病在这里都可以由腹腔镜及宫腔镜手术完成，并成为该科的特色治疗手段。全科承担省市级科研项目共10余项，取得了显著的成果，并将科研成果应用于临床工作，互相提高。
第四名：牡丹江心血管病医院-妇产科
牡丹江心血管病医院妇产科重点对不孕症、月经病、女性生殖系统炎症、计划生育措施副反应与并发症等常见病及疑难病进行了深入的研究，学术观点新颖，研究方法科学先进，疗效显著，达到国内领先、先进水平。
第五名：牡丹江医学院附属红旗医院-妇产科
牡丹江医学院附属红旗医院妇产科，有先进的医疗设备如：阴道镜、宫腔镜、腹腔镜、酶标仪等仪器，能开展宫颈癌前筛查、宫腔内疾病的诊治、腹腔的微创手术及实验室的检查，为临床解决疑难病症提供科学依据。2006年2月腹腔镜技术应用于妇科临床，完成卵巢囊肿、宫外孕、子宫切除等手术，大大提高了诊疗水平。
第六名：牡丹江市妇女儿童医院-妇科
牡丹江市妇女儿童医院妇科，是牡丹江市重点专科，始建于1989年，妇科自二十世纪90年代在牡丹江市率先开展腔镜技术至今，腹腔镜手术在本省内已经达到了先进水平。2016年率先在牡丹江市开展了单孔腹腔镜手术，现已开展了单孔腹腔镜下卵巢肿瘤手术，子宫肌瘤剔除术，子宫切除术等。