南京治疗心理疾病医院排名比较推荐的是南京脑科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院、东部战区总医院等。心理疾病需就诊于心理咨询科，这些医院的相关科室都具有丰富的临床经验，可以为患者提供高效、精准的诊断及治疗。
1、南京脑科医院
该医院医学心理科是国内成立较早、历史悠久、配置合理、同时具有临床心理门诊、临床心理病区及临床心理实验室的专科机构。擅长心理危机干预、婚恋家庭问题咨询、心理咨询及精神疾病诊治康复等，尤其在心理疾病的诊治方面经验丰富。
2、南京医科大学第一附属医院
该医院临床心理科是江苏省内综合性医院中最早建立的同类科室，医护人员受过正规的医学心理培训，有丰富的临床经验。擅长人际交往障碍、适应障碍、品行障碍、人格障碍、性心理障碍、应激后心理障碍、躯体疾病合并的心理问题等的诊治。
3、南京鼓楼医院
该医院医学心理科是南京大学医学院、徐州医科大学、南京中医药大学教学实习基地。擅长药物与心理治疗相结合的特色诊疗模式诊治抑郁症、焦虑症、失眠症、强迫症、躯体形式障碍等，疗效显著，诊疗经验的丰富。
4、东南大学附属中大医院
该医院心理咨询科是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科。开设心身医学诊疗中心，下辖睡眠障碍、疼痛障碍、进食障碍及酒精依赖四个专业诊疗组，在相关心理疾病的诊断、治疗及护理方面积累了丰富的临床经验。
5、东部战区总医院
该医院心理咨询科，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉心理咨询科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗躯体形式障碍、抑郁症、焦虑症、强迫症、婚姻家庭问题、适应障碍等方面具有显著优势。
小贴士：
心理疾病在临床上比较常见有器质性精神障碍、精神活性物质所致精神障碍、精神分裂症、心境障碍或者神经症、心理因素相关的生理障碍、儿童青少年疾病、人格障碍、精神发育迟滞等。就诊前可通过电话、公众号、第三方平台预约挂号。除了在医生指导下完善心理测查外，还要完善脑电图、脑CT、脑核磁共振等特殊检查，用于排除脑器质性病变，来帮助医生根据患者个体情况进行更明确的判断。