山西医科大学第二医院西院擅长的科室有五官科、精神卫生科、神经内科、神经外科、肿瘤治疗中心等。
1、五官科
山西医科大学第二医院西院五官科由眼科和耳鼻喉科组成，眼科可开展多种外眼手术、青光眼、白内障等内眼手术及角膜移植和各种整形手术。已组建了眼科实验室，开展多项科研工作。耳鼻喉科可开展各种耳鼻喉科常规手术、鼻窦内窥镜手术及多种微波手术。尤其在鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉、咽炎、喉炎、扁桃体炎等治疗方面有显著疗效。
2、精神卫生科
山西医科大学第二医院西院精神卫生科是山西医科大学第三医院的特色科室之一。担负着各种精神疾病的诊治及教学科研任务。科室医疗水平精湛，在以药物治疗（中西医结合）的基础上开展激光治疗、电针治疗、精神量表检查、心理治疗和心理咨询，以人文化的服务更好地服务于患者及家属，促进患者回归社会。
3、神经内科
山西医科大学第二医院西院神经内科已成为在山西省癫痫病诊断与治疗方面居领先水平的特色专科。科室发现了省内第一例亚历山大病（国内仅有一例报道）、海绵状脑病、神经棘红细胞增多症及神经蜡样脂褐质沉积症患者。首次在国内引进迷走神经刺激术治疗难治性癫痫，取得了较好的社会效益，填补了一项国内相关研究的空白。
4、神经外科
山西医科大学第二医院西院神经外科在治疗颅脑损伤、中枢神经系统肿瘤、先天性畸形、脑血管病的基础上，重点开展了难治性癫痫的手术治疗和三叉神经痛、面肌痉挛的微血管减压治疗。科室开展术中经皮层电极（ECOG）监测精确圈定致痫灶，是省教委立项的科研课题，填补了我省这个项目的空白，目前已完成50余例，通过6个月至四年的随访，疗效显著。
5、肿瘤治疗中心
山西医科大学第二医院西院肿瘤治疗中心由肿瘤内科和放疗科组成，针对全身各种肿瘤进行合理的放疗和化疗，针对各种良性肿瘤进行全身各部位X-刀和三维适形放射治疗，具有定位精度高，疗程短、疗效好，副作用小等优点，不流血、不开刀，却具有和外科手术相似的结果，肿瘤治疗中心成立三年来主要开展了对各种恶性肿瘤的放疗及化疗等综合治疗，该中心的成立填补了医科大学附属医院没有肿瘤专科的空白。