四川大学华西口腔医院擅长牙周病科、儿童口腔科、唇腭裂外科、创伤整形外科、口腔黏膜病科相关疾病治疗，上述科室在西部地区甚至全国取得了显著的社会效益，能够为患者提供全方位一站式诊疗服务。
1、牙周病科
是一个专门从事牙周病诊断治疗的专业化科室，是国内最早成立也是最大的、与国际接轨的牙周专业科室。科室采用国际一流的牙周基础治疗器械、拥有各种复杂牙周手术包括显微外科的先进装备。拥有多位国内外知名专家和强大的牙周专科医师队伍，承担各种类型牙周疾病的诊断与系统治疗。
2、儿童口腔科
是中国第一个儿童口腔专科。目前该专科不仅具有国内一流的医疗队伍，还在全国率先设立了儿童错合畸形早期矫治特色门诊和运动护齿特色门诊，在西部甚至全国享有盛誉。
3、唇腭裂外科
是我国治疗与研究唇腭裂等先天性畸形的重要中心，汇集有唇腭裂治疗领域内最高水平的专家学者。科室拥有全国最大的唇腭裂专科病房，开展的序列治疗内容包括术前正畸、唇粘连手术、牙槽突裂植骨手术、术后正畸治疗等。
4、创伤整形外科
主要收治口腔颌面部创伤以及各类疾病导致的颅颌面部畸形患者。开展急、难、重症颌面部创伤诊治、颌面畸形缺损修复重建及面部整形美容。特别是在颌面部陈旧性骨折、鼻眶筛骨折、创伤伴骨及软组织缺损修复重建、颅颌面大型畸形缺损的整复等临床疑难问题方面均有重要突破。
5、口腔黏膜病科
是全国历史最悠久、规模最大的口腔黏膜病综合诊疗中心之一，是国家级临床重点专科。对常见口腔黏膜病（如口腔扁平苔藓、口腔白斑病、各类口腔溃疡、口腔黏膜特殊感染、口腔黏膜大疱类疾病、灼口综合征、唇舌疾病等）以及各类疑难杂症的诊疗水平达国内一流。
