上海耳鼻喉科医院排名第一的医院是复旦大学附属眼耳鼻喉科医院，该医院的耳鼻喉科是全球最大的耳鼻咽喉科诊疗中心和临床研究之一，具有国内领先的各亚学科相关疾病的诊治水平，同时也达到了国际先进水平。除此之外，上海耳鼻喉科比较好的还有上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科、上海市第六人民医院耳鼻咽喉头颈外科，其中上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科是国家药物临床试验基地，上海市第六人民医院耳鼻咽喉头颈外科是国家临床重点专科。
第一名：复旦大学附属眼耳鼻喉科医院-耳鼻喉科
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院耳鼻喉科，是全球最大的耳鼻咽喉科疾病诊疗中心和临床研究中心之一，在各亚学科相关疾病的诊治水平上处于国内领先、国际先进水平。该科专注于鼻炎、鼻窦炎和鼻息肉、儿童中耳炎、鼾症、咳嗽和哮喘、食物不耐受等过敏相关疾病的综合诊治，服务于全国各地的广大患者。
第二名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-耳鼻咽喉头颈外科
上海交通大学医学院附属第九人民医院耳鼻咽喉头颈外科，下设耳神经颅底外科、鼻及鼻畸形外科、咽喉头颈外科及听力中心等亚专业，是上海市耳鼻咽喉科学住院医师/专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验基地、上海市儿童听力障碍诊治中心。
第三名：上海市第六人民医院-耳鼻咽喉头颈外科
上海市第六人民医院耳鼻咽喉头颈外科，是国家临床重点专科、上海市“重中之重”重点学科、上海交通大学耳鼻咽喉科研究所。学科在2019年复旦大学医院管理研究所“最佳专科声誉排行榜”位列全国第七位；北京大学“中国最佳临床学科评估”排行榜位列全国第十位；中国医学科学院“医院科技影响力”专科科技影响力排行榜位列全国第八位。
第四名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-耳鼻咽喉科
上海交通大学医学院附属瑞金医院的耳鼻咽喉科，能够针对变态反应性疾病如哮喘、鼻炎鼻窦炎等进行诊治，不但能够切实解决患者的实际诊疗问题，更能够促进变态反应学科在临床、科研、学术等多个层面的共同进步和发展。
第五名：复旦大学附属中山医院-耳鼻喉科
复旦大学附属中山医院耳鼻喉科拥有三级甲等医院科室实力，集医疗、教学、科研为一体，目前以头颈肿瘤综合治疗为特色，同时涵盖耳鼻咽喉头颈外科各亚专科疾病的诊治，并能开展耳、鼻、咽、喉科各类手术，尤以头颈肿瘤的综合治疗、中耳炎的显微手术治疗、鼻息肉鼻窦炎的内镜微创治疗、鼾症的综合诊治为特色。
第六名：复旦大学附属华山医院-耳鼻咽喉头颈外科
复旦大学附属华山医院耳鼻咽喉头颈外科已先后获得国家自然科学基金、上海市科委、上海市卫生局课题多项，能够进行常规三级甲等医院的各种耳鼻咽喉头颈外科常规手术，能够开展鼻窦、中耳颅底交界性肿瘤的手术及下咽巨大肿瘤切除胃代食管等高难度手术。
第七名：上海交通大学医学院附属仁济医院-耳鼻喉科
上海交通大学医学院附属仁济医院耳鼻喉科在医疗、教学、科研、学科建设和人才培养等诸方面取得了长足进步，近年来科室致力于开展耳鼻咽喉日间手术，在保证医疗质量同时尽量缩短患者的住院时间减轻患者医疗负担，耳鼻喉科同类手术的住院天数在国内处领先地位。
第八名：上海长海医院-耳鼻喉科
上海长海医院耳鼻喉科为全军耳鼻咽喉-头颈外科中心，国家211工程重点大学的重点学科。学科技术力量雄厚、医疗设备齐全、医疗特色突出，其中头颈肿瘤外科学是国内最早开展颅内侵犯巨大鼻咽纤维血管瘤切除术单位之一；耳科学及颅底外科学与国内同步开展镫骨手术、乳突根治、鼓室成形术、人工听骨植入手术及电子耳蜗植入术。
第九名：上海交通大学医学院附属新华医院-耳鼻喉头颈外科
上海交通大学医学院附属新华医院耳鼻咽喉头颈外科，在专业领域综合实力全国排名稳居前十位，是国家临床重点专科、上海市重中之重临床重点学科、上海市耳鼻咽喉质控中心。科室在保持传统业务范围的基础上，积极开拓新的领域，确立了以耳显微耳神经侧颅底外科、人工耳蜗植入、头颈肿瘤外科等为重点，带动耳鼻咽喉科其它亚专业共同发展的格局。
第十名：上海市第一人民医院-耳鼻咽喉-头颈外科
上海市第一人民医院耳鼻咽喉-头颈外科是国家临床重点专科，是上海市耳鼻咽喉-头颈外科住院医师培训基地，在喉癌、下咽癌和头颈肿瘤的诊断和手术治疗方面全国领先。特别是在保留喉功能的喉癌和下咽癌综合治疗方面具有显著优势。