南京医科大学第二附属医院擅长泌尿外科、肾脏内科、消化内科、肿瘤科、心脏大血管外科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、泌尿外科
现为中华医学会泌尿外科学分会常委、江苏省医学会泌尿外科学分会主委单位、江苏省省级临床重点专科，也是医院重点打造的优势学科之一。科室以泌尿系疾病微创技术为特色，其中单孔腹腔镜、机器人单孔腹腔镜手术等多项技术达到国内、国际先进水平。
2、肾脏内科
是江苏省“十二五”、“十三五”重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省首批血液透析培训基地，科室逐步在慢性肾脏病及其并发症的诊疗方面形成了独特的学科特色，在省内外甚至国内外均产生了较高的学术声誉和社会影响力。
3、消化内科
是江苏省临床重点专科、江苏省“十三五”期间“强卫工程”医学重点学科（江苏省消化专业唯一），科室长期致力于消化内镜技术的推广，连续举办省级和国家级系列学术活动，产生了积极的社会效益和影响力。
4、肿瘤科
是南京地区较早开展肿瘤化疗的专业科室，目前已成为南京医科大学“十一五”期间重点学科、江苏省重点临床专科，临床诊疗经验丰富，同时承担南京医科大学五年制本科生、硕士生、博士生及留学生的教学工作。
5、心脏大血管外科
是南京市较早开展心血管手术的单位之一，科室发展独具特色，拥有一个成熟的、高水平的心血管外科团队，近年来更在先天性心脏病救治、冠脉搭桥、主动脉夹层治疗方面取得了不错的成绩。
