福建儿童医院排名靠前的有福建省儿童医院、复旦大学附属儿科医院厦门分院、福建医科大学附属第一医院等。福建省儿童医院是国家儿童医学中心，曾在国家三级公立医院绩效考核评价中，位列全国儿童专科医院排名第二；复旦大学附属儿科医院厦门分院儿内科主要承担儿内科常见疾病的诊治，不断满足各种患儿治疗的需求；福建医科大学附属第一医院儿科是该省儿科临床医疗、教学、科研中心之一。
第一名：福建省儿童医院
福建省儿童医院是由上海市人民政府与世界健康基金会合作共建的一所集医、教、研于一体的三级甲等儿童专科医院。是国家儿童医学中心，在国内和国际上均具有较强的认可度和影响力。在2018年度国家三级公立医院绩效考核评价中，位列全国儿童专科医院排名第二，CMI值（病例组合指数）位列全国第一。儿科学专业已经成为国家重点学科、211工程、985工程、085工程重点建设学科。
第二名：复旦大学附属儿科医院厦门分院-儿内科
复旦大学附属儿科医院厦门分院儿内科主要承担儿内科常见疾病的诊治，开设有普通门诊、专科门诊和专家门诊。专业范围包括新生儿、呼吸、消化、感染、神经、肾脏、血液、心血管等。医院将进一步开设综合病房二区，内科综合病房将扩容至100张病床，进一步收治感染性及心血管、神经、内分泌等专科疾病，不断满足各种患儿治疗的需求。
第三名：福建医科大学附属第一医院-儿科
福建医科大学附属第一医院儿科是该省儿科临床医疗、教学、科研中心之一，是省级临床重点专科、国家综合癫痫中心的核心科室、国家级儿科住院医师规范化培训基地、医院儿童生长发育中心牵头科室、省级睡眠监测中心和医院变态反应(过敏)中心的成员科室。设有新生儿、神经、消化、感染、呼吸、内分泌、肾脏、儿童保健与营养、风湿等专业。开设小儿神经、消化、肝病、呼吸等专病门诊。
第四名：福建医科大学附属协和医院-儿内科
福建医科大学附属协和医院儿内科是福建省最早的儿科学硕、博士研究生培养基地，也是国家级儿科医师规范化培养基地。现开设有儿童神经、发育行为、心理、呼吸、内分泌、保健、风湿免疫与变态反应、危重症、遗传代谢、临床药理学、医学遗传咨询、康复等专业，多个专业综合实力达国内先进水平或省内领先水平。
第五名：福建省立医院-儿科
福建省立医院儿科始建于1938年，在福建省儿科界享有较高的声誉，是福建医科大学教学医院，福建中医药大学、福建省卫生技术职业学院及外省多家医学院校重要临床教学基地，是福建医科大学和福建中医药大学的硕士研究生培养点，国家级住院医师规范化培训基地。
第六名：厦门大学附属第一医院-儿科
厦门大学附属第一医院儿科已成为福建省综合性医院中规模最大、专业最齐全的儿童医疗救治中心，涵盖12个亚专科：新生儿、呼吸、重症、血液、肾脏、神经、内分泌、风湿免疫、遗传代谢、心血管、儿童保健、消化专业。
第七名：福建医科大学附属第二医院-儿科
福建医科大学附属第二医院儿科，拥有先进医疗设备，成功抢救各种危重症患儿，有丰富的新生儿重症呼吸系统管理经验，开展新生儿整合脑电图监测及视频脑电监测、PICC脐血管留置等治疗，为儿科重症病人提供良好的生命支持。开展小儿肾穿检查，成功抢救难治性肾病、肾功衰竭患儿；开展小儿气管镜的检查及治疗，并应用于新生儿重症胎粪吸入。
第八名：厦门大学附属中山医院-儿科
厦门大学附属中山医院儿科是集医疗、教学、科研及预防为一体的临床专业科室，是福建省儿童哮喘标准化门诊挂牌单位之一。科室对儿童各系统疾病形成了规范、合理的诊疗模式，包括小儿呼吸、消化、神经、内分泌、肾脏、心血管、感染、儿科急诊和新生儿等疾病的治疗。设有儿科普通门诊、急诊、专家门诊、特需门诊和专科专病门诊。
第九名：福建省龙岩市第一医院-儿科
福建省龙岩市第一医院儿科，是龙岩市技术力量最强、设备最先进的儿科，技术力量雄厚，对儿童各系统的常见病、多发病及各种疑难杂症的诊治、抢救积累了丰富的临床诊治经验，在小儿心血管系统疾病、肾脏疾病、血液病、呼吸系统疾病、消化系统、神经系统、内分泌及重症医学等方面有较深的研究和造诣。