重庆市第五人民医院擅长普外科、感染科、内分泌科、甲状腺乳腺外科、血液·风湿免疫科等。
1、普外科
是医院最早成立的学科之一，是南岸区重点学科、南岸区普外微创诊治中心、重庆市肛肠特色专科、重庆市区域性重点学科、重庆市临床重点专科。该学科医疗、教学和科研一直居于重庆江南片区先进水平，微创手术是团队的特色，有较深的底蕴和独到之处。
2、感染科
是南岸区唯一的感染性疾病专科，开展了对结核病、发热及出疹性疾病、各种急慢性肝炎、肠道感染、艾滋病各种机会性感染等疾病的诊治，对各种重危及疑难杂症有较高的诊治水平。科室为南岸区结核病和艾滋病的定点医疗单位，承担南岸区结核病和艾滋病的治疗及随访工作。
3、内分泌科
是重庆市南岸地区技术力量最强、医疗仪器设备最先进的专科之一，是南岸区内分泌及代谢疾病的医、教、研中心。科室对内分泌及代谢疾病的诊断、治疗拥有丰富的临床经验和较高的学术水平，尤其擅长糖尿病、甲状腺、骨质疏松症、肾上腺疾病等内分泌及代谢病的诊断、治疗。
4、甲状腺乳腺外科
是西部乳腺甲状腺专科联盟成员单位，主要从事乳腺、甲状腺、甲状旁腺疾病及胰腺内分泌肿瘤等疾病诊治、预防和康复。同时科室临床、科研、教学协调发展，承担重庆医科大学临床和理论教学，承担或参研省市级课题多项。
5、血液·风湿免疫科
是重庆市区县级医院成立较早的血液、风湿免疫专科。该科为中国血液病专科联盟两江区域联盟成员单位、巴渝血液病专科联盟成员单位、重庆血友病专科联盟成员单位、西南风湿免疫疾病专科联盟成员单位、淋巴肿瘤规范治疗与协同创新中心成员单位，有力促进了学科的建设发展。