上海市东方医院擅长的科室有皮肤科、口腔科、泌尿外科、血管超声与功能科、心内科等。
1、皮肤科
上海市东方医院皮肤科，设有性病、银屑病、痤疮、色素疾病和毛发疾病等专病门诊。开展技术项目包括：皮肤外科、白癜风人工皮肤移植技术、激光美容及射频电刀、果酸焕肤美容、冰点激光脱毛、痤疮红蓝光、超低温冷冻疗法等。
2、口腔科
上海市东方医院口腔科，拥有7个亚专业，口腔种植科、口腔修复科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔正畸和儿童口腔科。中心设有特需门诊，能为患者提供更优质、更便捷的医疗服务。东方医院口腔医学中心每年还承担着各类临床、科研与教学任务。负责国内多家医科大学的规范化培训、本科教学与临床实习工作。
3、泌尿外科
上海市东方医院泌尿外科在国内率先成功开展了国产机器人微创手术临床研究、无血保功前列腺激光手术、无疤可视软镜微创碎石术等，与国际泌尿外科同步发展，居国内先进水平。科室拥有先进齐全的超微创设备，拥有国际领先的国产机器人、3D和高清全套微创手术系统等。
4、血管超声与功能科
上海市东方医院心血管超声与功能科，由腹部超声室、心脏超声室、心电图室、动态心电图室组成，拥有西门子Sequoia512型等彩色仪器设备８台，承担腹部B超的检查，内设血管超声室、介入超声室等，能够准确检测心脏、腹部、妇产科、浅表器官及血管等全身各部位的疾病，开展声学造影、超声引导下的腹部脏器穿刺活检术、PTC/PTCD超声引导下经皮肝胆管穿刺置管引流术、超声引导下淋巴结囊肿穿刺治疗、超声引导下肿瘤射频等治疗。
5、心内科
上海市东方医院心内科，科室拥有旋磨仪、血管内超声仪、光学相干断层扫描仪、冠脉血流储备测定仪、Carto系统、Ensite系统和冷冻消融等高端心脏疾病诊疗设备。科室开展多种多样心脏疾病的诊疗技术，包括复杂冠脉介入治疗、经导管主动脉瓣植入术、复杂心律失常消融治疗、CRT／ICD在内的起搏器植入术、各种先天性心脏病的介入治疗、左心耳封堵、肾动脉消融、肥厚型心肌病化学消融以及现代心脏康复等。