上海中医药大学附属曙光医院西院擅长中医科、中医外科、心血管内科、神经内科、肛肠科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、中医科
以提高中医临床疗效为根本出发点，在临床上，依照传统中医整体化的诊病特点，突破专科限制，广泛收治各类疾病，范围涉及内科、外科、妇科等各科病种。在治疗上，除了应用中药汤剂和针剂以外，综合针灸、推拿、熏洗、拔罐、食疗、康复等治疗手段，遵循“能中不西，先中后西，多中少西”的原则，着力于发挥中医优势、回归中医特色。
2、中医外科
是集临床、教学、科研为一体的中医重点学科，擅长以中医为主、中西医结合、内外兼治诊疗各种外科疾病。临床研究涉及面广，在该市的同类学科中专病专科最全，其甲状腺专病2002年被列入上海市卫生局中医特色专病专科项目。创立以“益气养阴、疏气化痰”为主的治疗法则，自制甲亢方、甲瘤方等，治疗甲状腺腺瘤等疾病，取得了良好的临床疗效。
3、心血管内科
该学科主攻冠心病和心力衰竭两大病种，以中西医结合、内外科联手全程、全方位的诊疗是该科室的临床特色。采用中西医结合治疗不同病期、不同类型冠心病，已初步形成了中西医结合治疗冠心病的专病诊疗特色，已建立中医药治疗稳定性冠心病的诊疗常规。
4、神经内科
目前是国家卫健委脑卒中防治与筛查基地、上海市脑卒中临床救治中心、上海市第三批中医优势专科。科室的主攻方向是脑卒中以及帕金森病、运动神经元病、认知功能障碍等疾病的中西医结合诊治。在上海市率先开展急性脑梗死溶栓、取栓业务，是全国脑卒中筛查与防治工作前十名单位。
5、肛肠科
始终坚持临床实践与科技创新相结合的原则，将高位复杂性肛瘘的发病机理研究、高位复杂性肛瘘的综合治疗、环状混合痔的研究、肛肠疾病的中医特色治疗及新技术应用研究等，作为专科主攻目标。创立出了一系列行之有效的特色治疗方法，在肛肠疑难病方面优势明显，疗效显著。
