湘西土家族苗族自治州人民医院擅长消化内科、心内科、神经内科、神经外科、骨科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、消化内科
湘西土家族苗族自治州人民医院消化内科是医院建科最早的临床专科之一，目前已发展成为集食管、胃肠和肝胆胰疾病诊治、消化病基础与临床研究及本科生、研究生教学为一体的综合性科室；被湖南省卫健委评为湖南省临床重点专科，也是湖南省内镜学会副主任委员单位，吉首大学硕士学位授权点。
2、心内科
湘西土家族苗族自治州人民医院心内科是胸痛及重症心衰病房，融无创与有创协同治疗于一体的心血管疾病诊治中心，是州市级医院临床重点专科。年门诊量约18000人次，年住院病人达2600人次，平均住院日7天。科室创立了湘西地区第一家胸痛中心，建立急性胸痛处理的绿色通道，成功挽救了成千上万患者的生命。
3、神经内科
湘西土家族苗族自治州人民医院神经内科成立于2006年4月，是目前湘黔川渝四省（市）边区医院中规模较大、设备较齐全、技术力量较雄厚的临床科室。是全国首批300家中国卒中联盟单位和全省首批4个卒中中心建设试点单位之一、湖南省地市级临床重点专科建设科室、湖南省卒中学会和康复学会副理事单位、湖南省癫痫联盟与帕金森专病联盟副主席单位。
4、神经外科
湘西土家族苗族自治州人民医院神经外科是湘西地区最早（1997年）建立的神经外科专科，是湘鄂渝黔四省市武陵山片区尤其是湘西州技术力量最强和影响力最大的现代化神经外科中心，是国家卫生健康委员会首批神经介入建设中心，中华医学会神经外科学分会脊柱脊髓外科共建单位，中国卒中协会综合卒中中心，湖南省省级临床重点专科。
5、骨科
湘西土家族苗族自治州人民医院骨科是州市级医院临床重点专科。科室设立关节外科、骨病、小儿骨科等亚专科。常规开展人工髋、膝关节置换术、骨关节肿瘤切除功能重建术、膝关节镜检及镜下微创手术、关节内复杂骨折及复杂骨盆骨折手术、各种原因导致的肢体畸形截骨矫形术、急慢性骨髓炎及骨关节结核的治疗。针对先天性髋关节脱位、先天性马蹄内翻足疾病建立了系统、规范的治疗技术。