治疗自闭症建议就诊于心理科，南京治疗自闭症排名靠前的医院分别为南京脑科医院精神大科、南京医科大学第一附属医院临床心理科、南京鼓楼医院医学心理科，南京脑科医院精神大科是省级精神卫生中心，全国排名靠前，综合实力顶尖；南京医科大学第一附属医院临床心理科是省内综合医院最早同类科室，教学与诊疗兼备；南京鼓楼医院医学心理科诊疗服务优质，教学底蕴深厚，学科带头人影响力突出。
1、南京脑科医院 精神大科
科室涵盖多个亚专科，整体实力雄厚，是江苏省精神卫生中心、国家临床重点专科建设单位等，拥有多项国家级、省级资质，也是博硕士培养点和博士后科研工作站。在《2018年度中国医院专科排行榜》中位列全国第六、华东区前两位，医疗技术居全国先进水平。学科特色鲜明，技术优势突出，开展多种个体化及非药物治疗，覆盖各类精神心理疾病，是全国精神病司法鉴定中心之一，患者遍布全国各地。
2、南京医科大学第一附属医院 临床心理科
科室是省内综合性医院中最早建立的同类科室，诊疗范围广泛，涵盖各类情绪障碍、神经症、心理问题及躯体疾病合并的心理问题，采取心理评估、疏导与药物治疗相结合的方式，为患者提供全方位诊疗服务。同时承担南京医科大学多院校医学心理学相关教学任务，主编、参编多部教材，在研及完成多项科研项目，医师均为研究生毕业，接受正规医学心理培训，诊疗经验丰富。
3、南京鼓楼医院 医学心理科
科室诊疗服务辐射江苏及周边省市，诊疗范围涵盖抑郁障碍、焦虑障碍、自闭症、睡眠障碍等多种病症，采用生物、心理、社会相结合的模式，运用药物与心理治疗相结合的方法，助力患者全面康复。作为多所高校教学实习基地，教学底蕴深厚。学科带头人曹秋云主任医师担任多项省级学术委员会重要职务，曾获多项省级、国家级论文及科技奖项，专业影响力突出。
4、东南大学附属中大医院 心理咨询科
科室是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科，开设心身医学诊疗中心及多个专业诊疗组。在南京较早引进经颅磁刺激治疗技术，是南京地区首家设立睡眠监测室的同类专科，显著提升睡眠障碍诊治水平。承担多项国家、省部级科研项目，发表大量论著及SCI论文，主编多部专著，获得包括中华医学科技奖一等奖在内的各级奖项10余项，还与美国高校联合成立国际心身医学临床研究中心。
5、东部战区总医院 心理咨询科
科室由一批临床经验丰富的主治医师以上职称医务人员组成，医师资质过硬、诊疗能力突出。专注于心理咨询科常见病、多发病及疑难病的诊治，诊疗范围涵盖躯体形式障碍、抑郁症、自闭症、焦虑症、强迫症等，同时擅长处理青少年心理、婚姻家庭、适应障碍、失眠等相关问题，诊疗精准规范，依托医院综合优势，为患者提供专业、优质的心理咨询与诊疗服务。
