广州医科大学附属第三医院擅长的科室有感染疾病科、血管外科、内科、小儿外科、骨科等。
1、感染疾病科
广州医科大学附属第三医院感染疾病科是集医疗、科研、教学于一体的专业科室。科室主要诊治病毒性肝炎、肝硬化、中枢神经系统感染、药物性肝损害、深部真菌病、不明原因发热和新发感染性疾病的患者，在乙肝病毒母婴传播阻断、妊娠期肝病的个体化治疗与管理等方面有独到经验，疗效显著。
2、血管外科
广州医科大学附属第三医院血管外科，1995年在本院开创血管外科专业，是广州市属医院最早开展的血管外科专业。2015年成立行政独立的血管外科，硬件达到最一流医院的水平。2008年成立广州市主动脉瘤治疗培训基地，广东省医学会血管外科分会主委王深明教授亲临本院挂牌。
3、内科
广州医科大学附属第三医院内科能解决内科各专业的常见病、慢性病以及疑难病例，可满足各种病人需求。同时科室定期组织医务人员参加院内和科内业务学习，有计划的向院外外出学习，在职副主任医师均承担医学院本科教学工作，全科医务人员承担进修医生、实习医生的见习、实习教学工作。
4、小儿外科
广州医科大学附属第三医院小儿外科诊疗范围包括小儿腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾、阑尾炎、肠套叠、肠梗阻、胆总管囊肿、巨结肠等。同时能够进行马蹄内翻足、多指（趾）、并指（趾）、唇腭裂等方面的矫形，开展了胎儿疾病的诊断和咨询。
5、骨科
广州医科大学附属第三医院骨科是集临床、科研、教学为一体，以微创治疗为特色和科室发展方向。科室实力雄厚，专业特色鲜明，重点特色技术项目优势明显，在四肢长管状骨、累及关节的粉碎性复杂骨折治疗方面达到了国内先进水平。
