厦门大学附属中山医院擅长的科室有消化内科、心血管内科、肝胆胰外科、血管外科、胃肠外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、消化内科
厦门大学附属中山医院消化内科是海西地区消化领域唯一一个国家临床重点专科、福建省临床重点专科、厦门市医学领先学科。在肠道微生态与消化重大疾病防治、医学人工智能产学研转化应用，消化系肿瘤早诊早治、三叶肽、JTB、Mindin、拉曼内镜在消化系疾病和消化系肿瘤的相关领域研究处于国内先进水平。
2、心血管内科
厦门大学附属中山医院心血管内科是国家临床重点专科。冠心病介入专家完成各类复杂冠心病介入诊疗手术，尤其以精准处理各型急性冠脉综合征、慢性完全闭塞性病变、主干以及分叉病变见长。CCU集中各类心脏病高危患者，开展各种有创诊疗技术和高级生命支持技术，提高患者生存率和降低围术期患者并发症，是科室抢救高危患者和开展各种诊疗技术的重要保障。
3、肝胆胰外科
厦门大学附属中山医院肝胆胰外科是福建省临床重点专科，是福建省肝胆胰外科领域唯一的临床重点专科。通过周密的手术计划，术中CUSA、超声刀、电工作站等多种先进设备配合使用，结合术中超声定位做到精准肝切除，围手术期贯穿加速康复理念、抗病毒治疗以及术后密切随访观察，肝癌的治疗效果已达到国内先进水平。
4、血管外科
厦门大学附属中山医院血管外科是福建省临床重点专科，总体医疗水平在省内名列前茅。血管外科治疗范围包括除心脏和脑血管以外的所有动脉、静脉、淋巴系统疾病。以综合治疗为基础，以微创为主要手段，使病人以最小的代价，获得最确切的疗效。
5、胃肠外科
厦门大学附属中山医院胃肠外科是福建省临床重点专科，是福建省第一个以治疗胃肠疾病为主的专业外科科室,是集医疗、教学与科研为一体的市级医学领先学科。胃肠癌腹腔镜手术率达90%以上，年腹腔镜胃肠癌手术量突破400余台，胃肠腹腔镜治疗水平进入省内先进水平。
