中国康复研究中心北京博爱医院擅长脊髓损伤康复科、中医康复科、脊柱脊髓外科、神经康复科、神经泌尿科，这些科室均是该院的优势学科，患者可根据实际情况选择合适的科室就诊。
1、脊髓损伤康复科
是中国康复研究中心北京博爱医院的重点科室，是中国大陆地区第一家为早期、中期和后期脊髓损伤患者提供全面、系统的综合康复治疗的综合康复治疗科室。成功建立并完善了一整套适合国情的脊髓损伤康复程序和方法。在脊髓损伤的康复、脊髓损伤并发症（痉挛、压疮、疼痛等）的防治方面积累了丰富的经验，在该领域居于国内领先水平。
2、中医康复科
目前已经发展成包括病区、门诊诊室、针灸治疗室、推拿治疗室以及中西医结合运动治疗室的大型科室。兼具中西医康复特色，技术力量雄厚，临床医生具有丰富的中西医结合康复经验，在治疗偏瘫以及治疗截瘫等方面形成了一系列特色疗法，临床疗效显著。
3、脊柱脊髓外科
是国内唯一一家将脊柱、脊髓综合治疗（非手术与手术）与康复训练紧密结合在一起的特色科室，是中国康复研究中心北京博爱医院的重点科室，是首都医科大学博士、硕士研究生培养基地，在国内外具有很高的知名度和影响力。科室拥有一批高水平的专业团队，不断引进了国外先进技术，目前该科室临床和科研已达到国际先进水平。
4、神经康复科
是中国康复研究中心北京博爱医院的重点科室，集医疗、科研和教学于一体。下设神经重症监护病房、脑血管病急性期病区等，可满足不同患者的需要。中心除运动疗法、作业疗法和语言治疗外，还开展包括脑梗死的溶栓治疗、血管内介入治疗、强制性训练等国际先进康复和治疗技术，使患者得到更好的恢复。
5、神经泌尿科
为首都医科大学博士研究生培养点，是一个以神经泌尿学与尿动力学为特色的综合性泌尿外科。拥有国际国内知名专家，配备有盆底中心、腔镜诊疗中心和血液透析室等，可开展泌尿外科各种疾病的诊治及泌尿系康复工作，尤其以神经源膀胱与尿失禁重建手术及微创泌尿外科手术为特色，深受患者好评。
