西安市中心医院擅长的科室有心内科、神经内科、消化科、呼吸科、医学影像科等。
1、心内科
西安市中心医院心内科是西安市优势专科，省临床重点培育专科，陕西省急性心肌梗死区域协同救治项目协作中心，国家心力衰竭医联体成员单位，是陕西省卫生厅首批批准具有开展介入诊疗技术资质的医院之一。心内科技术力量雄厚，拥有一支专业素质精良和不断进取的团队。
2、神经内科
西安市中心医院神经内科是省内成立最早的专科之一，早在1979年就由西安市卫生局挂牌成立西安市神经疾病研究室，目前是陕西省临床重点专科、西安市医学重点学科，为西安交通大学医学院及延安大学医学院硕士点。近年来科研成果丰硕，在国内外核心期刊发表文章150余篇；SCI收录期刊论文40余篇。出版专著8部。软件著作专利1项，发明专利2项。
3、消化科
西安市中心医院消化科暨西安市消化疾病研究所，系西安市医学重点学科，内设消化科专家门诊、普通门诊、消化科病房、西安市消化内镜中心及消化实验室。科室常年担负着西安周边地区消化系统常见病及疑难重症疾病的诊治工作，深得患者和家属的好评。科室多次获陕西省、西安市科技进步奖及新技术引进奖。先后荣获“全国青年文明号”、“陕西省青年文明号”、“西安市青年文明号”、“陕西省三八红旗集体”、“陕西省巾帼文明示范岗”、“西安市文明示范窗口”“陕西省护理劳动竞赛示范岗”等荣誉称号，连续多年被医院评为先进科室。
4、呼吸科
西安市中心医院呼吸科是医院的重点科室，西安市医学重点学科，陕西省临床重点专科，西安市医学会呼吸结核分会主委单位。西安市呼吸慢病管理中心。呼吸与危重症医学科技术力量雄厚，人才结构合理，拥有一支素质高、业务精良的临床及科研队伍。
5、医学影像科
西安市中心医院医学影像科为西安市重点学科、西安医学会放射分会主委单位、西安交通大学医学部及陕西中医药大学影像医学与核医学专业硕士点、西安市临床影像质控中心挂靠单位。有多位专家先后担任国家、省、市级学会及协会委员、常务委员、副主任委员及主任委员。科室首创面神经管HRCT曲面重建技术及临床应用，具有国际先进水平；听骨链及内耳结构HRCT重建技术及临床应用，在省内外具有很高知名度。
