北京肛肠科医院排名靠前的是北京协和医院基本外科、中国人民解放军总医院普通外科医学部、北京市肛肠医院肛肠外科等。北京协和医院基本外科连续两年位列复旦版全国专科综合排名第1名，是与医院院龄同龄的核心科室，也是普外领域全国疑难重症疾病诊治中心；中国人民解放军总医院普通外科医学部连续两年位列复旦版全国专科排名第4名，在国际上率先提出胃癌肝转移临床分型，胃肠及结直肠相关诊疗水平达到国际一流；北京市肛肠医院肛肠外科始建于1937年，年门诊量超14万人次，可开展各类肛肠专科特色诊疗技术，专科属性突出。
1、北京协和医院 基本外科
该科室成立于1921年，是与北京协和医院院龄相同的核心科室之一，连续斩获2021年、2022年复旦版全国专科综合排名第1名，在我国医学史上拥有辉煌积淀，先后涌现出曾宪九、朱预、赵玉沛等一批全国乃至国际知名的医学专家。科室早在上世纪80年代就在国内最早细化细分专业组，覆盖胃肠、结直肠肛肠、胰腺、胆道、血管、乳腺、肝脏等方向，并配套建设外科营养、重症等相关临床专业实验室。目前科室开放病床158张，配套2个分子生物学实验室，拥有结构合理的优质人才梯队，多名专家在中华医学会及国内外权威医学期刊担任核心职务，行业影响力突出。
2、中国人民解放军总医院 普通外科医学部
该科室2020年6月正式挂牌成立，2021年位列复旦版全国专科综合排名第4名，2022年位列复旦版全国专科声誉排名第4名。科室下设结直肠外科、腹部创伤外科、胃外科、甲状腺（疝）外科、乳腺外科共5个亚专科，人才储备充足，科室诊疗实力过硬，在国际上率先提出胃癌肝转移临床分型，相关胃肠、结直肠肛肠疾病诊疗技术水平达到国际一流标准。科研成果丰硕，近年来累计获得国家科技进步二等奖1项，军队、省部级一等奖4项，省部级二等奖8项，科研转化能力突出。
3、北京市肛肠医院 肛肠外科
该科室创建于1937年，是医院的特色核心专科，年服务体量可观，年门诊量达14万余人次，年开展肛肠相关手术3000余人次，诊疗优势覆盖直肠疾病、肛门疾病、超声刀微创手术、吻合器痔环切术、痔自动套扎术等专科领域。近5年科室先后推出肛肠疾病快速治疗、医保单病种一日病房等服务模式，同时承担《PPH手术治疗出口梗阻型便秘前后直肠肛管形态及功能对比研究》科研课题，专科服务能力扎实。
4、中日友好医院 普外科·结直肠外科
该科室成立于2015年10月，专业发展方向以微创、结直肠外科手术与综合治疗为主，尤其在超低位直肠癌保肛手术领域积累了丰富经验，开设结直肠外科专病、胃肠肿瘤专病、微创疝外科等多个专科专病门诊，在国际部及特需门诊开设结直肠癌多学科联合门诊。科室腹腔镜低位、超低位直肠癌保肛技术居全国领先水平，主导组建的MDT团队曾获2019年CSCO全国消化道肿瘤MDT扬帆总决赛冠军，长年与日本知名医疗机构保持密切学术交流，已举办数十期腹腔镜规范化手术学习班，推动行业技术普及。
5、首都医科大学附属北京友谊医院 普外科
该科室是科技部等部门认定的国家消化系统疾病临床医学研究中心、卫生部认定的国家临床重点专科，也是首都医科大学普通外科学系主任委员单位，获2023年复旦版全国专科声誉排名提名。科室下设包含胃肠外科在内的5个亚专科，年门急诊量13余万人次，年手术量6500余台，平均住院日仅5.9天。科室在微创外科技术领域优势突出，率先开展全腹腔镜下胃肠道手术、经肛门全直肠系膜切除术等结直肠肛肠相关微创技术，相关技术开展例数及效果国内领先。近年来科室主持国家“十二五”科技支撑计划项目1项、国家自然科学基金20余项，发表SCI论文100余篇，医教研协同发展成效显著。
