上海肝癌比较好的医院是复旦大学附属中山医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、上海交通大学医学院附属第九人民医院，复旦大学附属中山医院是全国肿瘤学重点学科，国家卫健委临床重点学科，其规模和诊疗水平在国际上位居前列。上海交通大学医学院附属仁济医院的肝脏外科是国家器官移植临床重点专科；上海交通大学医学院附属第九人民医院普外科在肝癌诊疗方面达到了国内领先水平。
第一名：复旦大学附属中山医院-肝肿瘤外科
复旦大学附属中山医院肝肿瘤外科是全国肿瘤学重点学科、中国抗癌协会肝癌专业委员会依托单位、教育部癌变与侵袭原理教育部重点实验室、国家卫健委临床重点学科、国家癌症中心肝癌单病种质控主委单位、上海市重中之重肝肿瘤临床医学中心、上海市临床重点学科、复旦大学“211工程”重点学科、复旦大学“985工程”、“重中之重”肿瘤项目依托单位，其规模和诊疗水平在国际上位居前列。
第二名：上海交通大学医学院附属仁济医院-肝脏外科
上海交通大学医学院附属仁济医院的肝脏外科是国家器官移植临床重点专科和普外科临床重点学科建设单位、上海市重中之重临床医学中心（器官移植）、上海市临床重点专科“展两翼”类专科和上海交通大学医学院重点学科，是国际最大的肝移植中心。学科以成人和儿童肝移植为特色，儿童肝移植为标志性技术，业已成为集终末期肝病和肝癌手术、微创、靶向及其他各类综合治疗手段为一体的临床医学中心。
第三名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-普外科
上海交通大学医学院附属第九人民医院普外科，下设有肝胆胰外科、胃肠外科、疝和腹壁外科等9大专业，已经形成了鲜明的专业特色，特别是在肠痿与腹腔感染炎症性肠病(克罗恩病、溃疡性结肠炎)、放射性肠炎、肠梗阻、短肠综合征、肥胖合并睡眠呼吸暂停、疝与腹壁缺损、门静脉高压症、肝癌、胰腺癌等方面达到了国内领先水平。并且广泛开展腹腔镜微创手术治疗。
第四名：上海市第六人民医院-肝胆胰外科
上海市第六人民医院的肝胆胰外科以诊治复杂肝胆胰疾病为特色，尤其是对复杂胆道疾病、胆道损伤、肝癌、胆道和胰腺肿瘤手术及门静脉高压症等外科治疗都有丰富临床经验和良好疗效。胰腺肿瘤诊治在国内享有声誉，如胰头癌手术联合门静脉血管切除及血管重建；胰腺内分泌肿瘤和胰岛素瘤的诊治；在国内率先开展胰腺癌放射性碘125粒子植入治疗等。
第五名：上海长海医院-胰腺外科
上海长海医院的胰腺外科是国家重点学科，与消化内科等相关科室合作先后入选＂国家临床医学中心（消化系统疾病）＂、国家教育部＂胰腺癌早期诊断与综合治疗＂创新团队以及上海市“重中之重”临床中心。同时是乌镇互联网医院胰腺病诊治中心和长海—约翰霍普金斯医院胰腺疾病联合诊治中心。开展急慢性胰腺炎、肝胆及壶腹周围肿瘤、门脉高压症、后腹膜肿瘤、腹部疑难疾病的外科治疗等，形成了以手术治疗为主、包括微创手术、精准医学、肿瘤多学科合作治疗的学科特色。
第六名：上海交通大学医学院附属新华医院-普外科
上海交通大学医学院附属新华医院的普外科，学科总体医疗、教学和科研水平居国内领先地位，是一个以消化道肿瘤、器官移植、微创外科为特色，各学科并进发展，医院规模最大的临床科室。普外科是卫生部国家临床重点专科，是卫生部首批批准的肝移植定点医院，在国内较早开展了对肝脏恶性肿瘤的多学科协作规范化综合治疗的模式，普遍开展的手术包括肝移植术、各种肝癌切除术如尾状叶切除、半肝切除、肝三叶切除术、肝正中裂劈开术等。
第七名：上海市公共卫生临床中心-肝胆外科
上海市公共卫生临床中心的肝胆外科主要为肝胆胰脾等脏器的相关外科疾病患者提供诊疗服务，科室团队从事肝胆外科工作20年以上，对包括疑难肝胆胰脾外科疾病在内的病症积累了丰富的诊疗经验。医疗特色明显：胃肠道肿瘤、乳腺肿瘤、甲状腺肿瘤、肝胆胰肿瘤等肿瘤的根治性手术（传统手术和微创手术）和综合治疗。