常州市第三人民医院擅长感染科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、肝病科、肺科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、感染科
为江苏省临床重点专科。科室技术力量雄厚，具有一支技术精湛，素质过硬，医、教、研全面发展的专业团队，长期以来承担本地区感染性疾病的诊治工作。科室在传染性疾病的救治中发挥了重要作用并已形成了独特优势，在历次突发公共卫生事件的处置中发挥核心作用。
2、眼科
为省级重点学科，在该地区享有知名度。科室拥有全市唯一的眼库中心，设立了“九大诊疗中心”，拥有全飞秒激光仪、微创白内障超声乳化系统、微创玻璃体切割手术系统等先进设备，为每一位眼疾患者提供全方位、个性化的诊疗服务。
3、耳鼻咽喉头颈外科
为江苏省、常州市中医重点专科。科室人才梯队、医疗设备精良，并形成了鲜明的专科特色，诊疗范围涵盖耳鼻咽喉头颈外科各个领域，常规开展耳鼻咽喉头颈外科各类手术。学科以精湛的技术、优质的服务、良好的医德医风享誉常武及周边地区，深受群众信赖。
4、肝病科
是江苏省中医重点临床专科、江苏省重点临床专科。目前是常州及苏南地区专科床位数最多、门诊量最大的肝病专科，其医疗技术和医疗服务在常州及周边地区享有很高的知名度和美誉度。主要收治各种肝脏内科疾病和不需要或不能进行手术治疗的肝癌患者。
5、肺科
是常州市第三人民医院的重点学科，也是常州市第三人民医院建院的基础科室。一直致力于以肺结核为主的肺部疾病诊治方面的学科研究，通过数代医务工作者的不懈努力，形成了自己的特色和实力，其精湛的医疗技术，良好的临床疗效赢得了患者好评和信任，在常武地区及周边地区树立起良好的口碑。
