全国排名第一的肺科医院是广州医科大学附属第一医院，该医院呼吸内科是国家临床重点专科、省重点学科、呼吸系统疾病国家临床医学研究中心，已连续13年稳居复旦专科榜呼吸内科第一名。除此之外，肺科医院比较好的还有中日友好医院、四川大学华西医院，这两家医院的呼吸内科在复旦专科榜分别排第二位和第三位。
1、广州医科大学附属第一医院-呼吸内科
该医院呼吸内科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第1名，是集临床、教学、科研和管理为一体的学科，是国内领先、国际一流的呼吸病学临床诊疗中心。科室拥有多项特色技术，包括经支气管超声引导针吸活检技术、电磁导航支气管镜技术等，每年诊治大量疑难重症呼吸病患者，并接受全国各地方医院的转诊和会诊。
2、中日友好医院-呼吸与危重症医学科
该医院呼吸与危重症医学科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第2名，是国家呼吸医学中心和临床医学研究中心的依托单位，也是国家重点学科和国家临床重点专科。科室在肺癌诊疗、呼吸介入和睡眠呼吸障碍疾病诊疗领域已初具特色，尤其是在特殊呼吸道感染危重症的诊疗领域处于领先地位。
3、四川大学华西医院-呼吸与危重症医学科
该医院呼吸与危重症医学科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第3名，被评为教育部重点学科和卫生部临床重点专科，并在复旦大学全国医院最佳专科声誉排名和医院科技影响力排行榜上名列前茅。该科室设有多个医疗护理单元和专科中心，主要诊断和治疗内科和呼吸系统的常见病、多发病，对弥漫性间质性肺疾病、肺囊性纤维化等方面的诊治水平居中国西部前茅。
4、北京协和医院-呼吸与危重症医学科
该医院呼吸与危重症医学科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第4名，是一个具有悠久历史的学科专业，是国内最早成立的呼吸科专业科室之一，也是我国一流的呼吸科学临床和研究中心及呼吸疑难病诊治中心，拥有众多呼吸专业的老前辈或知名教授。
5、上海交通大学医学院附属瑞金医院-呼吸科
该医院呼吸科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第5名，是国家教育部重点学科（内科学），承担多项国家和地方科研项目，在呼吸系统疾病临床、科研和教学方面有长期的经验，参与制订多个诊疗指南和共识，在同行和社会中获得广泛认可。
6、复旦大学附属中山医院-呼吸科
该医院呼吸科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第6名，是我国最早的肺病学研究室之一，也是上海市重点学科和首批国家卫生和计划生育委员会临床重点专科建设项目。目前学科形成了呼吸危重症、慢性气道疾病、肺部肿瘤和介入、肺部感染、间质性肺病五大亚专科，其中支气管镜室同时也是国家卫生健康委基于电磁导航系统的早期肺癌精准诊疗试点单位。目前学科还是中国肺癌防治联盟，国家老年医学中心老年肺部感染与呼吸衰竭防治联盟等的挂靠单位。
7、中国人民解放军总医院-呼吸与危重症医学部
该医院呼吸与危重症医学部位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第7名，是国家重点学科、北京市重点实验室，是国内规模最大、亚专科设置最全的胸科医疗单位之一，承担百余项国家、军队、省部级课题，获多项国家科技进步二等奖、中华医学科技一等奖等。
8、广州市妇女儿童医疗中心-呼吸科
该医院呼吸科是卫生部国家临床重点专科、广东省高水平临床重点专科等，专科特色包括儿童支气管镜诊疗中心、小儿特异性免疫诊疗等，近年来在国际著名期刊上发表了多篇SCI科研论文，参与了多个国家级儿童呼吸相关疾病诊治指南或专家共识的制定。
9、华中科技大学同济医学院附属同济医院-呼吸内科
该医院呼吸内科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第8名，在慢性阻塞性肺疾病、肺动脉高压、肺心病等方面有卓越的研究成果，在华中地区乃至全国享有盛誉。该学科是教育部重点学科、卫生部临床重点专科、国家呼吸系统临床医学研究中心核心单位、国家呼吸系统疾病临床研究中心分中心、湖北省呼吸内科医疗质控中心挂靠单位、湖北省慢性气道炎症性疾病临床医学研究中心。
10、首都医科大学附属北京朝阳医院-呼吸与危重症医学科
该医院呼吸与危重症医学科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第9名，已成为呼吸医学领域的重要诊治中心和人才培养基地，同时也是多个学术机构的所在地。该学科在肺栓塞与肺血管病、呼吸衰竭与呼吸支持技术、呼吸系统感染与新发呼吸道传染病等方面具有显著的临床特色。