中国人民解放军总医院第七医学中心附属八一儿童医院擅长儿童心脏外科、小儿外科、新生儿科、小儿泌尿外科、儿科门急诊，上述科室特色鲜明，优势明显，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、儿童心脏外科
是集医疗、教学和科研为一体的现代化小儿心脏病诊疗专科，是大陆地区治疗先心病平均年龄和体重最小的心脏专科之一。拥有一支以归国医学博士为核心的医疗队伍，由外科、介入、影象诊断、麻醉等专业的业务骨干组成，在低龄、小体重、重症患儿的心脏外科治疗领域具有显著优势。
2、小儿外科
是中国人民解放军总医院第七医学中心附属八一儿童医院的重点专科，拥有以博士、硕士为主的优秀外科专科人才，团队骨干是在国内最早开展儿童微创外科和儿童肝移植的主要成员，其医术精湛，主要治疗新生儿外科、小儿普通外科、小儿肿瘤外科等专业的常见病、多发病、以及疑难杂症等。
3、新生儿科
为全国新生儿专科联盟牵头单位和北京市危重新生儿市级转/会诊中心。学科设施齐全，设备先进，以新生儿保健、危重新生儿救治，特别是超/极低出生体重儿救治为特色技术。在国内最早开展了体外膜肺支持下的危重新生儿转运，是国内最大的新生儿救治中心之一。
4、小儿泌尿外科
为国内及全军最早开展新生儿、儿童外科微创手术科室之一。在国内最早开展腹腔镜、机器人、胎儿镜手术治疗小儿泌尿系疾病，手术成功率达99%以上。腹腔镜、胸腔镜、达芬奇机器人在儿童泌尿系统畸形手术中的应用居全国前列。
5、儿科门急诊
是军队医学生及儿科规范化培训教学科室，同时还兼全科医师培训任务。门急诊设有多个专科门诊，检测实施完备，与中心共享先进全套的各种实验室及影像检查中心，还拥有儿童专用的肺功能机、儿童专用移动心电图机等，从不同角度来满足不同患儿诊治需求。承担着军队系统和地方0-18周岁儿童门诊及急诊的医疗任务。