中山市中医院擅长的科室有创伤骨科、心血管科、呼吸与危重症医学科、内分泌科、肿瘤科·血液科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、创伤骨科
中山市中医院创伤骨科是国家中医药管理局重点专科建设项目单位，广东省“十三五”高水平临床重点专科，中山市“十三五”高水平临床重点专科，广东省中西医结合重点专科，中国创伤救治联盟单位山区域建设单位，中山市中西医结合创伤骨科治疗中心，省劳动厅、省人社局指定的工伤鉴定及工伤康复定点单位。
2、心血管科
中山市中医院心血管科由心血管科病房、门诊、介入室组成，拥有3间介入治疗室，为中山市规模最大、综合实力最强的中医心血管专科，人才队伍结构合理，发展成熟，诊疗水平在中山市处于领先地位。是省内中医系统内独立开展心脏介入手术最早的单位之一（2002年开始心脏介入治疗），目前病例数量、病变复杂程度、完成各种介入手术质量均在省内中医系统内处于领先地位。
3、呼吸与危重症医学科
中山市中医院呼吸与危重症医学科是中华中医药学会感染病分会常委单位、广东省中医学会呼吸分会副主委单位、中山市中医药学会肺病分会主委单位、中山市中西医学会呼吸分会主委单位，广东省“十二五”中医重点专科、中山市“十四五”重点专科，国家区域（华南）中医肺病诊疗中心分中心国家呼吸临床研究中心、呼吸专科医联体中西医协作组成员单位。
4、内分泌科
中山市中医院内分泌科是广东省中医重点专科，中山市十四五医学重点专科，糖脂代谢病国家诊疗模式创新推广联盟副主席单位，珠中江“糖胖病”缓解联盟副理事长单位。在糖尿病等代谢疾病和甲状腺疾病、肾上腺疾病、下丘脑垂体疾病、性腺疾病等内分泌疾病的诊治领域内，处于省内知名及珠江西岸区域领先水平，2022年国家绩效考核中专科建设评分处于广东省中医系统第三。
5、肿瘤科·血液科
中山市中医院肿瘤科·血液科是治疗手段齐全、规模较大，集临床、教学、科研、预防、研究为一体的中西医结合肿瘤及血液专科。目前专业分为：胸部肿瘤亚专业，腹盆肿瘤亚专业，血液肿瘤亚专业及微创治疗亚专业。科室倡导以人为本，多学科协作，致力于肿瘤及血液的诊断、治疗及研究，为患者提供规范、个体化、中西医结合综合治疗。