复旦大学附属华东医院擅长的科室有中医科、胆胰外科、泌尿外科、老年科等。
1、中医科
复旦大学附属华东医院中医科主要特色为肿瘤、肾病的中医个体化诊治。对肿瘤患者以期达到提高生存质量，降低复发率之目的。包括肿瘤围手术期的调养；肿瘤稳定期复发转移的防治和癌前病变的治疗等。对慢性肾功能不全，糖尿病肾病，高尿酸血症等患者，积极保护肾功能，提倡中西医结合，中医辨病与辨证相结合，合理的饮食康复与定期的检查随访相结合，从临床诊治到实验研究开展多方位探索，积累了丰富的经验。
2、胆胰外科
复旦大学附属华东医院胆胰外科是国内较早成立的胆道胰腺专科诊疗中心之一。在胆胰恶性肿瘤的手术切除和术后综合治疗、胆胰疾病的微创外科手术以及重症急性胰腺炎的抢救等方面位居国内先进行列。胆道胰腺肿瘤的微创治疗处于国内领军水平，尤其对老年胆胰疾病患者的抢救治疗成功率高。
3、泌尿外科
复旦大学附属华东医院泌尿外科，在著名泌尿外科专家宋建达教授和钱伟庆主任医师领导下开展了多项泌尿外科疾病诊冶最新技术，并在国内率先引进达芬奇机器人系统开展机器人辅助腹腔镜前列腺癌根治手术、全膀胱切除、后腹膜淋巴清扫手术，在泌尿生殖系肿瘤手术以及高龄老人手术方面积累了丰富经验，居国内领先水平。
4、老年科
复旦大学附属华东医院老年科复旦专科排行榜排名第4，是上海市医学重点学科。以心血管、呼吸、消化、内分泌、肾脏、神经内科、普外科以及泌尿外科等学科的老年常见病、多发病、危重症为重点，开展防治研究，取得一系列重大科研成果，尤其是在老年人多脏器功能衰竭综合救治方面积累了丰富经验。
