海口市有包括海南省人民医院、海南医学院第一附属医院、海南医学院第二附属医院在内的多家三甲医院。其中海南省人民医院有6个国家重点建设专科，8个省重点学科，32个省级重点专科；海南医学院第一附属医院拥有国家级重点学科1个、国家级重点专科4个、省级重点学科4个；海南医学院第二附属医院拥有11个省级重点学科，2个省级医学中心，1个省级临床医学研究中心。
第一名：海南省人民医院
海南省人民医院现已发展成为集医疗、急救、科研、教学、预防、保健、康复于一体的全省规模最大、综合实力最强的首家“三级甲等”综合性医院和省直属公立医院，有15个医学中心，81个临床医技科室，23个研究室（实验室）。有6个国家重点建设专科，8个省重点学科，32个省级重点专科。打造了肝胆病学、心脑血管病介入、医学影像学、泌尿腔镜技术、老年病学、康复医学等一批具有影响力的优势学科群。
第二名：海南医学院第一附属医院
海南医学院第一附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、急救于一体的三级甲等综合医院。医院在生殖、急诊、肿瘤等学科领域特色鲜明，脊柱外科、呼吸、神经、病理等学科省内优势突出。拥有国家级重点学科1个（中医肝胆病学）、国家级重点专科4个（急诊医学科、肿瘤科、针灸科、神经内科）、省级重点学科4个（妇产科、神经内科、医学影像学、病理学）、省级重点专科19个（呼吸内科、泌尿外科等）。
第三名：海南医学院第二附属医院
海南医学院第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、康复及预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院。拥有11个省级重点学科，2个省级医学中心（海南省危重孕产妇救治中心、海南省危重新生儿救治中心），1个省级临床医学研究中心（海南省急危重症医学研究中心），3个院中院（海南省结核病医院、心血管病医院、胸科医院），2个研究所（移植医学研究所、肾脏病研究所）。
第四名：海口市人民医院
海口市人民医院是集医疗、教学、科研、预防、保健和康复为一体的三级甲等综合医院，有国家临床重点专科3个（麻醉科、泌尿外科、护理专科），海南省临床医学研究中心1个（脑血管病临床医学研究中心），海南省医学重点学科2个（骨科、泌尿外科），海南省I级临床重点专科10个，海南省优势特色专科3个，海口市医学重点学科5个，为国家卫生健康委脑卒中筛查和防治基地、高级卒中中心。
第五名：海南省中医院
海南省中医院拥有区域医疗中心1个，国家级重点专科7个，省级重点专科11个。同时，在急危疾病抢救、疑难病、多发病诊疗方面，医院充分发挥中医药特色优势，各病区均设有中医特色治疗室。医院开设治未病中心等专科，深入开展中医“治未病”工程，打造“未病先防、已病防变、瘥后防复”健康管理服务体系。医院在省内率先创建了优质护理和中医护理相结合的双模合一病房，形成独特的中医特色护理体系。
第六名：海口市中医医院
海口市中医医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复和养生保健为一体的三级甲等综合性中医医院。拥有5个国家临床重点专科和13个国家中管局重点专科，拥有国医大师、国家杰出青年基金、国家“百千万人才工程”和上海市“千人计划”专家各1名；国家”973”计划首席科学家、上海市领军人才、上海市东方学者各3名；上海市名中医14名等名科名医。
第七名：海南省妇女儿童医学中心
海南省妇女儿童医学中心的新生儿科、儿科、小儿外科、儿童康复科是海南省I级临床重点专科，儿科为海南省临床医学中心优势学科，小儿外科、妇产科为海南省临床医学中心培育学科。小儿内科连续5年（2016-2020年）获得复旦版《中国最佳专科声誉排行榜》华南区第5名，小儿外科连续三年（2018-2020年）获得提名，妇产科2019年获得提名。
第八名：中国人民解放军第一八七中心医院
中国人民解放军第一八七中心医院经过近70年的建设发展，现已成为一所集医疗、保健、康复、教学、科研于一体的大型“三级甲等”综合医院，国家爱婴医院。医院科室齐全，配置尖端医疗设备，满足临床诊疗需求。
第九名：海南现代妇女儿童医院
海南现代妇女儿童医院是一家集医疗、预防、保健、科研、教学为一体、专科医疗技术力量雄厚的大型现代化三级甲等（三甲）妇产专科医院。是首批国家分娩镇痛试点医院，爱婴医院，开设妇科、产科、生殖医学科、儿科等20多个临床医技科室。其中产科、妇科和儿科为海南省级临床重点专科，诊疗规模、技术水平等居全省前列，人类生殖辅助技术周期助孕临床妊娠率、活产率等核心指标居全省前列。
第十名：海口市妇幼保健院
海口市妇幼保健院是海南省最具规模、现代化医疗水平的妇女儿童专科医院之一。其产科、新生儿科、妇科、小儿外科为海南省临床重点专科，新生儿科、妇产科、儿童保健科为海口市医学扶持学科，儿科为海口市医学重点专科，检验科为海口市特色专科。年门诊50万人次，年住院2.5万人次，年均分娩量1万余人，位居全省之首。