山东中医药大学附属医院擅长针灸科、肾病科、肺病科、内分泌科、脑病科。上述科室具有先进的治疗水平，能够为患者提供可靠的诊疗基础和保障。
1、针灸科
是山东省重点学科、“十一五”国家重点中医专科、山东省中医药优势专科，是院内具有中医传统特色的重点发展科室之一，目前已成为全省规模大、学术水平高、特色突出、优势明显、在国内颇具影响力的临床学科，居山东省针灸专业的龙头地位。
2、肾病科
是国家级重点专科、山东省中医药肾病重点专科，是山东省肾脏病的中西医结合诊治中心，承担了300个优势病种之一，尿频病（尿道综合征）的中医临床路径和诊疗方案的起草、修订工作，并将颁布全国各级医疗单位实施。
3、肺病科
是国家中医药管理局重点中医专科、山东省中医药重点学科、山东省中医肺病质量控制中心等，学科奠基人是著名的中医学家刘惠民先生，科室在中医肺系疾病慢性病、疑难病的诊疗方面处于全国领先水平，吸引了全国患者慕名就诊。
4、内分泌科
科室技术力量雄厚，总结并形成了包括糖尿病、甲状腺疾病等多种优势病种的中医诊疗方案，均疗效显著。现已成为山东省中医内分泌方面临床、教学及科研的龙头单位，在全省中医内分泌领域起到重要的指导和带头作用。
5、脑病科
现已成为国家中医药管理局重点建设单位之一，被评为国家中医药管理局老年病重点专科、国家中医药管理局中医脑病重点学科，是集医疗、教学、科研于一体的具有鲜明中医特色的中西医结合专业科室，在中风病、老年痴呆等方面积累了丰富的经验，取得了显著的疗效。
