南京神经内科比较好的医院是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院等。南京医科大学第一附属医院神经内科在卒中病人的急诊救治有着许多显著地特色，部分技术具有国内先进水平。南京鼓楼医院神经内科为国家临床重点专科、江苏省临床重点专科。东南大学附属中大医院神经内科是江苏省神经病学研究中心（共建单位）、江苏省医学重点学科。
第一名：南京医科大学第一附属医院-神经内科
南京医科大学第一附属医院神经内科在神经系统各类疾病的诊治方面有着丰富的临床经验，尤其是在卒中病人的急诊救治有着许多显著地特色。目前该学科可以开展常规脑电图、动态脑电图、脑血流超声检测等技术，除此之外，还开展颅高压实时检测、小脑顶核刺激等新技术。部分技术具有国内先进水平。
第二名：南京鼓楼医院-神经内科
南京鼓楼医院神经内科为国家临床重点专科、江苏省临床重点专科；江苏省神经病学重点学科；江苏省脑血管病诊疗中心、江苏省脑卒中救治联盟牵头单位；江苏省神经内科专业质控中心、江苏省脑卒中质控中心；南京市神经病学临床医学中心、南京市神经病学转化医学中心、南京市临床重点专科等。
第三名：东南大学附属中大医院-神经内科
东南大学附属中大医院神经内科是江苏省神经病学研究中心（共建单位）、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、国家级药物临床试验机构。拥有先进的诊治设备，在脑血管病超早期诊治和康复、动静脉溶栓、缺血性和出血性脑血管介入诊治、卒中各种并发症处理等方面技术优势突出，在国内享有盛誉。
第四名：东部战区总医院-神经内科
东部战区总医院神经内科东部战区总医院神经内科率先创建了国内首个网络化、区域性的南京卒中注册系统，成为东亚地区规模最大的脑血管病数据库，现已成为国际神经病学界了解中国脑血管病现状的重要窗口。科室拥有一系列先进精密的诊疗设备，为神经肌肉疾病、神经变性疾病、脑神经损伤的诊断提供了重要的科学依据和良好的治疗指导。
第五名：南京市第一医院-神经内科
南京市第一医院神经内科为南京医科大学硕士学位授予学科、博士学位授予点。科室在江苏省内首先开展包括支架置入术等脑血管介入治疗术，并在全国范围内率先开展静脉溶栓、动脉溶栓、静动脉联合溶栓、MRI指导下溶栓治疗等技术，技术水平居全省领先位置。
第六名：南京脑科医院-神经内科
南京脑科医院神经内科是南京脑科医院的特色学科之一，是国内建科最早、获批部级神经病学高级师资研修班基地最早的单位之一，国内第一例气脑造影术以及第一台脑电图机的使用均在该医院神经内科首开先河，素有国内“神经科医师摇篮”之称。现已成为全国最大、技术先进的神经病学医疗、教学和科研中心之一。
第七名：南京市第二医院-神经内科
南京市第二医院神经内科是优先发展的重点学科。科室医师团队具有丰富的临床经验和扎实的理论基础，尤其在疑难病诊治、危重症患者抢救方面具有丰富的临床经验，能解决本地区疑难、危重症患者的救治难题，病人覆盖全省及全国各地。
第八名：江苏省中西医结合医院-脑病科神经内科
江苏省中西医结合医院脑病科神经内科是国家食品药品监督管理局脑病专业临床试验基地、中国卒中学会中国卒中中心联盟成员单位。科室充分发展中西医结合优势，对神经内科常见病多发病有规范的中西医结合诊疗常规，在诊治脑梗死、脑栓塞、脑出血、蛛网膜下腔出血、痴呆、帕金森病、头痛病、眩晕病、情志病、周围神经病、各种神经康复等方面有独特的措施与疗效。
第九名：南京医科大学附属江宁医院-神经内科
南京医科大学附属江宁医院是省内较早开展微创颅内血肿清除治疗脑出血科室之一。在省内同级医院率先开展脑血管DSA术及支架植入术，常规开展神经系统重危、疑难病例的救治，开展中枢神经系统感染、神经系统免疫疾病、运动障碍、神经变性、周围神经病、癫痫、痴呆等疾病诊治及神经康复等。