南京心理科比较好的医院排名是南京脑科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院，南京脑科医院医学心理科是国内成立较早，历史悠久，配置合理，同时具有临床心理门诊、临床心理病区及临床心理实验室的专科机构，系国家临床重点专科（精神科）。南京医科大学第一附属医院临床心理科是省内综合性医院中最早建立的同类科室；南京鼓楼医院医学心理科开设失眠门诊，可为失眠患者进行咨询和治疗。
第一名：南京脑科医院-医学心理科
南京脑科医院医学心理科是国内成立较早，历史悠久，配置合理，同时具有临床心理门诊、临床心理病区及临床心理实验室的专科机构，系国家临床重点专科（精神科）和江苏省重点学科（精神科）的亚专科、江苏省临床重点专科（临床心理科），在国内享有盛誉。
第二名：南京医科大学第一附属医院-临床心理科
南京医科大学第一附属医院临床心理科是省内综合性医院中最早建立的同类科室。科室针对抑郁、焦虑、强迫、恐怖等情绪问题，心脏、胃肠神经症，更年期综合征，恋爱婚姻、工作压力、子女教育、考试紧张、学习困难等问题，人际交往障碍、适应障碍、品行障碍、人格障碍、性心理障碍、应激后心理障碍、躯体疾病合并的心理问题等，以医学模式临床心理科门诊、失眠专病门诊的形式，采取心理评估、疏导和药物治疗相结合的手段，对于有需求的患者开展治疗。
第三名：南京鼓楼医院-医学心理科
南京鼓楼医院医学心理科于2014年9月开设失眠门诊，为失眠患者进行咨询和治疗。 运用生物－心理－社会模式，以药物治疗与心理治疗相结合，中西医学和人文科学相互促进，让有心理障碍、精神障碍患者获得治疗。服务范围主要包括：焦虑障碍、抑郁障碍、 失眠、 躯体形式障碍、进食障碍、强迫障碍、恐惧障碍 、性心理障碍、适应障碍 、学习障碍、考前焦虑、早期或轻度精神障碍以及躁狂症、心因性精神障碍、精神分裂症、分裂样精神障碍。
第四名：东南大学附属中大医院-心理咨询科
东南大学附属中大医院心理精神科，是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科。其心理精神科病房，现有病床数40张，并设置独立的心理治疗室、沙盘治疗室、睡眠监测室和经颅磁刺激治疗室。根据综合医院心理精神科发展的特点，2014年开设了心身医学诊疗中心，下辖睡眠障碍、疼痛障碍、进食障碍及酒精依赖四个专业诊疗组。医院的睡眠监测室是南京地区首家设立睡眠监测室的心理精神专科，大大提高了各种原因引起的睡眠障碍的诊治水平。
第五名：东部战区总医院-心理咨询科
中国人民解放军东部战区总医院精神心理科设有心理接诊室、心理咨询室、心理测量室。目前科室配备：经颅微电流刺激治疗仪，神经系统肌肉音乐放松治疗仪，沙盘游戏治疗仪，宣泄治疗仪，国际用标准化心理测试软件，可进行人格、焦虑、抑郁、人际关系等方面的测评。 科室特色：精神心理科擅长青少年心理成长、亲子关系、人际交往障碍以及新兵适应障碍、部队官兵的心理健康等一般心理问题的咨询与治疗。并在此基础上针对来访者具体情况，整合应用认知行为治疗、人本主义治疗、精神分析治疗、家庭系统治疗、沙盘游戏治疗、宣泄治疗、经颅微电流刺激治疗、神经系统肌肉放松治疗等多种手段进行综合治疗。
第六名：南京医科大学附属逸夫医院-临床心理科
南京医科大学附属逸夫医院临床心理科开展生物－心理－社会模式，充分发挥综合医院多学科联合诊疗的优势，实行开放式治疗方法，着重突出人性化特点。重点发展急重症、疑难复杂精神卫生疾病的现代诊断技术,包括抑郁症、焦虑症、强迫症、社交恐惧症、睡眠障碍、慢性躯体疼痛不适、睡眠、进食障碍以及青少年心理问题、学习障碍问题等常见心理障碍。