深圳市龙岗中心医院擅长呼吸内科、新生儿科、泌尿外科、肛肠科、口腔科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、呼吸内科
是全国PCCM规范化建设达标单位、龙岗区重点培育专科、医院重点专科，能开展超声支气管镜检查、纵膈淋巴结穿刺活检、经支气管镜肺活检等操作，常规开展内科胸腔镜、支气管镜下热消融、冷冻治疗等技术。
2、新生儿科
是龙岗区重点培育专科，可以开展超低出生体重儿综合救治技术、经外周中心静脉置管、脐动静脉插管、综合呼吸支持技术、亚低温治疗、连续肾脏替代疗法，疗效显著。
3、泌尿外科
是龙岗区重点培育专科，可以开展前列腺膀胱尿道疾病电切镜技术、输尿管疾病输尿管镜治疗、泌尿系统结石体外碎石技术、精索静脉曲张显微镜手术等，具有较高的治疗水平。
4、肛肠科
为2016年“全国金牌肛肠科室”，也是广东省三家大肠肛门病专委会全国委员单位之一，可以开展复杂性肛瘘切除术、重度环形混合痔切除术、陈旧性肛裂切除术等技术。肛肠良性疾病诊疗技术与国内先进技术同步，曾荣获国家卫健委两次全国表彰。
5、口腔科
在深圳地区率先建立了“口腔数字化中心”，特色技术有牙周病系统治疗、显微根管治疗技术、嵌体、全瓷冠（桥）及烤瓷冠（桥）等固定义齿修复、青少年及成人牙颌畸形正畸治疗等。