厦门呼吸内科医院排名比较权威的是厦门大学附属第一医院、厦门大学附属中山医院、厦门医学院附属第二医院。
厦门大学附属第一医院呼吸内科是厦门唯一国家级呼吸内科规范化建设优秀单位，学科实力全省领先。厦门大学附属中山医院呼吸内科为省级重点专科，呼吸介入与胸膜疾病诊疗水平位居全国前列。厦门医学院附属第二医院呼吸肿瘤内科是国内特色呼吸病专科医院，肺部肿瘤介入治疗达国内先进水平。
1.厦门大学附属第一医院 呼吸内科
厦门大学附属第一医院呼吸内科是福建省建制较早的呼吸专科，为厦门市唯一国家呼吸内科规范化建设三级医院优秀单位。科研成果丰硕，获厦门市科技进步一等奖及多项国家发明专利，学科科技影响力曾位列全省第一。在新冠疫情救治中表现突出，是闽西南呼吸疑难危重症救治与会诊转诊核心基地。
2.厦门大学附属中山医院 呼吸内科
厦门大学附属中山医院呼吸内科是福建省临床重点专科、国家呼吸疾病临床研究中心分中心，设有钟南山院士工作室。参与制定我国首部胸腔积液指南，呼吸介入、胸膜疾病、哮喘热成型术等技术省内领先，呼吸重症救治模式独具特色。主导闽西南呼吸疑难病例讨论，承担多项国家级科研项目，诊疗与科研能力省内突出。
3.厦门医学院附属第二医院 呼吸肿瘤内科
厦门医学院附属第二医院呼吸肿瘤内科是国内首家“院内院”模式呼吸病专科医院，为厦门医学院呼吸疾病研究所核心组成部分。科室开展肺部肿瘤化疗、靶向、免疫及多类型介入治疗，气道肿瘤消融与支架置入等技术成熟。推行肿瘤MDT多学科诊疗模式，肺部肿瘤经皮及经支气管镜介入治疗水平处于国内领先。
4.厦门中医院 呼吸与危重症医学科
厦门中医院呼吸与危重症医学科以中西医结合为诊疗特色，擅长呼吸道感染、慢性咳嗽、哮喘、肺部结节等疾病诊治，中医外治与冬病夏治疗效显著。作为省级中医呼吸医联体成员及药物临床试验基地，承担中医药新冠防治工作，科室多位专家获市级荣誉及国家级人才项目称号，教学与科研成果扎实。
5.中国人民解放军第一七四医院 呼吸内科
中国人民解放军第一七四医院呼吸内科设备齐全，常规开展支气管镜诊疗、经皮肺活检、顽固性咯血介入、呼吸衰竭重症救治等技术。采用中心静脉置管行胸腔穿刺等微创操作，机械排痰与肺功能评估规范。科室严格执行三级检诊制度，承担院校实习教学任务，在常见呼吸疾病及危重症救治上经验丰富。
