深圳眼科医院擅长的科室有眼底病科、斜视与小儿眼科、白内障科、眼整形与泪器病科、眼眶眼肿瘤修复科等。
1、眼底病科
深圳眼科医院眼底病科，是省内一流的深圳市临床重点专科，深圳市眼科医院重点专科。该科室专注于眼底内科疑难疾病的诊治，水平处于全国前列，致力研究黄斑脉络膜新生血管性疾病、视网膜新生血管疾病、视网膜变性病变、视网膜脉络膜炎症性疾病及全身疾病相关眼底病的发病机理和提高眼底内科疑难疾病诊治能力。
2、斜视与小儿眼科
深圳眼科医院斜视与小儿眼科，为深圳市卫生系统品牌学科，由斜视与小儿眼科病区、斜视与小儿眼科门诊、医学验光配镜中心、医技检查科等机构组成，2016年被评为医管中心重点学科。在小儿斜弱视治疗、成人复视治疗、低视力康复方面有丰富的临床经验。可完成斜视、眼球震颤、眼整形、泪道疾病、白内障等内外眼手术，并积极开展双眼视功能训练在斜弱视方面的应用。
3、白内障科
深圳眼科医院白内障科，是深圳市眼科医院最早成立的专科之一，拥有实力雄厚的专业技术团队和国际一流的检查设备，在国内率先开展微切口超声乳化白内障手术、“无刀”飞秒激光白内障手术等先进技术，在老年性白内障、先天性白内障、并发性白内障、外伤性白内障和晶状体脱位等复杂难治性白内障的诊治方面已达到国际先进水平。
4、眼整形与泪器病科
深圳眼科医院眼整形与泪器病科，是以眼部畸形修复、整形激光、眼部年轻化治疗，以及泪道系统的再通、重建及微创治疗为主的科室，是全国最早开展泪道疾病治疗的科室之一。开展了上睑下垂、重睑成型、眼袋、内外眦修复、活动性义眼座植入、眼睑重建、复杂眼部畸形矫正、眼部整形失败后的修复等眼部整形手术，以及眼部年轻化治疗、泪道疾病个性化治疗，以及甲状腺相关眼病、眼部肿瘤、泪道肿瘤的治疗。
5、眼眶眼肿瘤修复科
深圳眼科医院眼眶眼肿瘤修复科，拥有实力雄厚的专业技术团队和检查设备，在深圳地区率先开展经鼻内镜下眼鼻相关疾病的微创手术，如视神经减压术、眼眶内下壁减压术及脂肪减压术、眶内肿瘤摘除术、泪囊鼻腔吻合术等，对甲状腺相关性眼病诊治的医疗水平处于全国前列。