漳州市医院擅长神经外科、产科、泌尿外科、胸心外科、血液内科。上述科室高端人才荟萃、技术实力雄厚、医疗设施一流，患者可根据个人情况就诊。
1、神经外科
是医院重点专科，擅长梗阻性脑积水、癫痫、重型及特重型颅脑损伤、蛛网膜下腔出血等神经外科常见病、多发病的治疗，可全面开展神经外科各亚专业所有病种的外科手术治疗，疗效显著。
2、产科
是漳州市重点专科，临床擅长宫颈机能不全、早产、胎膜早破、妊娠合并内分泌疾病及妊娠期高血压等常见病、多发病的治疗，近年来开展了无痛分娩、经阴道紧急宫颈环扎、产后磁电联合治疗盆底功能障碍等特色技术或新技术。
3、泌尿外科
是福建省临床重点学科、漳州市医院重点学科，科室人才聚集，技术力量雄厚，拥有一批技术精湛、德才兼备的高级、中级专业人才，具备极强的整体技术实力，擅长泌尿系结石、肿瘤、前列腺增生的内镜和腔镜微创手术。
4、胸心外科
是医院重点专科、漳州市市级重点专科，擅长肺部疾病、食管疾病、先天性心脏病、获得性心脏病的诊治，集传统手术、腔镜微创手术、心血管手术等诊疗技术为一体，能够为患者提供优质的医疗服务。
5、血液内科
科室人员经验丰富，医疗设备齐全，是闽南地区的血液病诊疗中心之一，在骨髓瘤/淋巴瘤、造血干细胞移植等领域形成了突出的专科优势，诊疗水平达到省内先进行列，在该地区享有盛誉。