福州眼科医院排名第一的医院是福建医科大学附属第一医院，该医院眼科是国家眼部疾病临床研究中心福建省分中心，2019年中国医院影响力排行榜眼科专科排行全国的第22位，专科声誉排名多次进入华东区提名。福州眼科医院好的还有福建医科大学附属协和医院、福建省立医院，前者眼科是防盲治盲中心之一；后者眼科是福建省重点学科。
第一名：福建医科大学附属第一医院-眼科
福建医科大学附属第一医院眼科是国家眼部疾病临床研究中心福建省分中心，福建省眼部疾病与视光学临床研究中心。同时也是福建省眼科临床重点专科，国家眼科学博士硕士研究生培养点，集眼科医疗、教学、科研和防盲治盲为一体，规模大、专业齐全、技术力量雄厚、仪器设备先进、整体学术水平高。2019年中国医院影响力排行榜眼科专科排行全国的第22位，专科声誉排名多次进入华东区提名。
第二名：福建医科大学附属协和医院-眼科
福建医科大学附属协和医院眼科自创院以来，至今已有一百多年的悠久历史，已逐渐发展、壮大成为省级主要眼科医疗、教学、科研和防盲治盲中心之一。科室技术力量雄厚，仪器设备先进，突显专业特色。科室专业齐全，其中角膜病专科、屈光手术专科、白内障专科、视网膜病专科、眼眶眼整形专科、眼底内科等是省内率先开展并已成为优势显著的特色专科。科室引进了当今国际先进的眼科诊疗设备，包括全球最先进的德国海德堡HRT3-CM共焦激光角膜显微镜、德国三维眼前节分析仪、蔡司光学相干断层扫描仪、欧堡免散瞳超广角激光扫描检眼镜、活体超声生物显微镜、三维眼科A\B超、科医人多波长激光等。
第三名：福建省立医院-眼科
福建省立医院眼科目前已形成集医、教、研为一体的眼科疾病诊疗中心。它是福建医科大学硕士点、福建中医药大学硕士点、福建省重点学科、国家级住院医师规范化培训基地、福建省巾帼文明示范岗、福建省立医院重点学科，下设有白内障、青光眼、视网膜病、斜视与弱视及眼眶病等多个亚临床专科。
第四名：福建医科大学附属福州市第一医院-眼科
福建医科大学附属福州市第一医院眼科在医院建立初期就已设立，历史悠久。眼科就诊环境舒适，设备齐全，医护人员服务意识强，为患者提供最精良的眼科医疗服务，患者满意度高。科室是福建省委、省政府，福州市委、市政府的“光明行动”白内障复明工程定点医院之一。福州市低视力康复中心挂靠本科室。
第五名：福建省第二人民医院-眼科
福建省第二人民医院眼科以国家中医药管理局二级科研实验室为依托，以西医、中医以及中西医结合为手段，瞄准国际前沿，不断引进新技术和新方法，提高白内障、近视眼、眼底病及其他眼病的诊疗水平。承担了国家中医药管理局、福建省科技厅、卫生厅、教育厅等各类科研项目三十余项，在国内外刊物发表论文200余篇。