漳州市中医院擅长的科室有骨伤科、妇产科、康复科、肺病科、糖尿病肾病科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、骨伤科
漳州市中医院骨伤科是国家临床重点专科；是卫生部国家临床重点专科及国家中医药管理局“十二五”重点专科，也是中华中医药学会确认的“中医骨伤名科”。本专科立足于中医传承，不断探索开展现代诊疗技术。是福建省中医药大学硕士点，也是中医国家临床规范化培训基地的重要科室。
2、妇产科
漳州市中医院妇产科集妇科、中医妇科、产科、计划生育为一体、医教研全面发展的综合性临床科室，也是漳州市中医院的重点专科，其中中医妇科为福建省重点专科。具有专业技术实力雄厚，梯队化管理严谨，各类人才齐备等特点。
3、康复科
漳州市中医院康复科是国家中医药管理局“十二五”重点专科；该科是全国示范中医院，福建中医药大学非直属附属医院和教学医院，省中医康复重点专科。近年来撰写并发表医学论文55篇，科研成果“针刺单穴治疗神经根型颈椎病临床研究”获漳州市人民政府科技进步三等奖。
4、肺病科
漳州市中医院肺病科是省级中医重点专科；科室技术力量雄厚，现有医务科研人员共28人，其中主任医师2人、硕士生导师2人、副主任医师1人、主治医师5人、主管护师1人、博士1人、硕士研究生10人。全科兴起学习中医经典的热潮，对感冒、咳嗽、哮病、肺胀、肺痿的中医、中西医结合治疗具有较好的临床疗效。
5、糖尿病肾病科
漳州市中医院糖尿病肾病科是省级中医重点专科；科室以名医工作室为依托，秉承能中则中，能中会西的理念，在肾脏病、内分泌及代谢疾病的中医或中西医结合治疗方面积累较丰富的经验。先后承担多项省厅及市级科研课题。承担实习生、规培生、进修生的带教工作。健康所系、性命相托，糖肾科全体医护人员将秉承救死扶伤、全心全意为患者服务的精神，注重医德医风建设，致力于广大患者的身心健康。