南京儿科医院排名靠前的是南京市儿童医院内科、江苏省人民医院儿科、南京鼓楼医院儿科等，南京市儿童医院内科亚专科设置齐全，覆盖儿童各类系统疾病及专项专科；江苏省人民医院儿科为省级临床重点专科、省级新生儿危急重症救治指导中心，可开展儿童ECMO、造血干细胞移植等高阶救治技术；南京鼓楼医院儿科以儿童呼吸、肾脏、风湿免疫、内分泌、新生儿疾病为核心特色专科。
1、南京市儿童医院 内科
该院内科专科体系极为完善，是南京地区儿科专科覆盖最全面的科室之一，专业细分精准、诊疗覆盖面广，全面覆盖儿童各类系统疾病诊疗需求。科室细分开设新生儿内科、呼吸科、肾脏科、心内科、消化科、神经内科、血液科、风湿免疫内科、内分泌科、感染科、儿内科等常规亚专科，同时专项设立哮喘病专科、结核病专科两大特色专科，可针对性解决儿童常见、多发及特异性专科疾病。依托儿童专科专属诊疗体系，科室专注全年龄段儿童内科疾病规范化诊治，针对儿童不同系统的疑难慢病、急症、特异性专科疾病均具备成熟的诊疗方案，专科分类精细，能够实现专病专治，精准匹配各类患儿的诊疗需求，是南京儿科全科诊疗的核心科室。
2、江苏省人民医院 儿科
该科室为省级临床重点专科、省级新生儿危急重症救治指导中心，同时是南京医科大学硕博学位授予点及博士后流动站点，综合诊疗、教学、科研实力位居省内儿科前列。科室设立11个亚专业，全面覆盖新生儿、血液肿瘤、呼吸、消化、神经、重症、罕见病等儿童专科领域，技术能力全面且顶尖。科室掌握多项高阶儿科救治技术，常规开展儿童及新生儿ECMO、CRRT、儿童造血干细胞移植、支气管镜、胃肠镜、全套儿童肺功能检测等先进技术，还可联合多科室开展早产儿眼底激光手术、围手术期重症监护等特色诊疗，承担省内外疑难重症患儿的托底救治工作。科室科研成果丰硕，斩获多项省市科技奖项，发表数百篇SCI及核心期刊论文。
3、南京鼓楼医院 儿科
该科室依托鼓楼医院雄厚的综合医疗平台，深耕儿科临床、保健、教学与科研工作，整体诊疗实力扎实稳定。科室专科特色鲜明，重点打造儿童呼吸、肾脏、风湿免疫、内分泌、新生儿五大优势专科，针对性诊治各类儿童高发慢病与疑难病症，适配儿童生长发育、免疫、呼吸、泌尿等多系统疾病诊疗需求。科室诊疗配套完善，独立设置专属儿科候诊区、抢救室、雾化室与输液室，为患儿提供专属诊疗环境。科室人才梯队持续升级，拥有博士后、博士及多名硕士生导师，持续引进高层次医疗人才，以精细化诊疗、优质服务为核心，专注儿童常见病、多发病及特色专科疾病的规范化诊治，综合口碑优良。
4、东南大学附属中大医院 儿科
该科室始建于1958年，是江苏省临床重点专科，首创南京地区危重新生儿救护转运体系，年均转运苏皖两地危重新生儿1200余名，区域急救辐射能力极强。科室率先在省内开展早产儿视网膜病筛查、儿童感觉统合失调康复训练等特色项目，专科特色辨识度高。科室亚专科布局齐全，涵盖新生儿重症救治、儿童呼吸哮喘、先心病、癫痫脑瘫、性早熟矮身材、遗传代谢病等多个方向，熟练开展新生儿PICC置管、腹膜透析、呼吸支持等高阶技术。科研教学成果突出，承担国家973、国家自然科学基金等多项课题，斩获多项省市科技进步奖，长期与德国高校开展学术合作，定点帮扶多家基层医院，学科影响力辐射全省。
5、东部战区总医院 儿科
该科室创建于1945年，是国内最早开展儿童肾脏病专项诊疗的专科之一，儿童肾病诊疗水平稳居全国首位，为全军儿童肾脏病创新研究基地、全国儿童肾脏学组组长单位。科室年完成儿童肾穿刺活检260人次，累计活检超4000例次，最小活检年龄仅27天，年均开展儿童CRRT治疗超1000次，技术数据位居国内前列。科室率先在国内推广多种新型肾病靶向药物治疗方案，主导修订国内儿童肾病诊疗指南，曾成功救治69天无尿的危重患儿，获评国家级医学救治奇迹。近十年斩获多项全军、省级科技奖项，主持国家自然科学基金等多项国家级课题，发表200余篇核心论文、十余篇SCI论文，同时承担硕博及博士后人才培养工作。
