中南大学湘雅二医院擅长精神科、内分泌科、皮肤科、心血管外科、老年病科的治疗，上述学科均为国家重点学科，为患者就医服务提供了可靠保障。
1、精神科
是我国南方唯一的综合医院载体的精神心理疾病领域三家国家临床医学研究中心之一。中心建设以来，学科地位和影响力持续提升，更是以点带面，提升了网络内同质化发展和精神科临床服务水平。
2、内分泌科
是糖尿病免疫学教育部重点实验室、国家代谢性疾病临床医学研究中心、代谢性骨病学湖南省重点实验室。在糖尿病分型诊断与治疗、骨质疏松症早期诊断与治疗方面居国内领先地位，达到国际先进水平。
3、皮肤科
学科医疗技术团队整体实力突出，处理疑难危重疾病能力强，专科整体规模与实力居国内前列。处理疑难危重疾病能力强，尤其是自身免疫性皮肤病、过敏与临床免疫、皮肤美容等亚专科临床诊疗及疑难危重皮肤病救治在国内享有较高声誉。
4、心血管外科
是我国最早开展深低温麻醉心内直视手术的单位，该学科针对心血管疾病，开展了一系列基础与临床紧密结合的研究，在先心病、风心病、冠心病及大血管病等疾病的外科治疗方面，建立了完善的治疗体系。
5、老年病科
为国内最早成立的老年病科之一，是集医疗、教学、科研、保健为一体的综合性学科，连续多年在复旦专科声誉排行榜中名列前十。承担在湘及来湘的党和国家领导人及外宾等重点医疗对象的医疗保健工作。
除上述科室外，中南大学湘雅二医院还擅长药剂科。该科室是长沙市唯一一家获准生产灭菌制剂的单位；自制制剂，如解氟灵等，在省内外多起中毒事件的抢救中发挥了积极的作用，产生了良好的社会效益。