南京小儿胸外科医院排名靠前的是南京市儿童医院心胸外科、江苏省妇幼保健院小儿胸外科、江苏省人民医院小儿胸外科等，南京市儿童医院心胸外科为2023年全国专科声誉排名提名科室，年完成先心病手术1200例、普胸手术800例；江苏省妇幼保健院小儿胸外科是江苏省卫计委妇幼保健重点专科建设单位，年开展住院及门诊手术300余台；江苏省人民医院小儿胸外科是江苏省135医学重点学科建设单位，普胸年手术量近2000台，其中80%为微创手术。
1、南京市儿童医院 心胸外科
该科室为2023年复旦版全国专科声誉排名提名科室，是医院最具特色的临床专科，1982年开展首例心内直视手术，现为江苏省科教强卫和重点临床专科。科室现有国务院特殊津贴获得者2人、博士生导师2人、硕士生导师4人，教授/主任医师5名、副教授/副主任医师6人，博士学位人员16人，累计获中国医师奖、江苏省有突出贡献中青年专家等各级荣誉20余人次。科室年完成先心病手术1200例、普胸手术800例，先心病手术总量位列全国儿童医院心脏外科前三名，是全国儿童医院系统首例小儿心脏移植完成单位，累计完成儿童心脏移植8例，也是江苏省最小年龄（仅4小时）、全国最轻体重（0.67千克）心脏手术完成单位，国内外率先开展经皮胸前穿刺室间隔缺损残余漏封堵术。作为全国小儿胸心外科学组原组长单位、亚洲小儿先心病外科学会创始单位之一，科室主持制定先心病和普胸相关中国专家共识14项，发表学术论文400余篇，其中SCI收录200余篇，获国家及省部级奖项38项，主持各级课题98项。
2、江苏省妇幼保健院 小儿胸外科
该科室为江苏省人民医院心脏大血管外科的亚专科，是江苏省卫计委妇幼保健重点专科建设单位、南京医科大学研究生培养点。科室由小儿胸心外科病区及心脏大血管外科Ⅲ病区联合运行，设置床位25张，现有主任医师1人、副主任医师2人、教授1人、博士研究生4人、硕士研究生导师1人。科室年门诊量1万人次，年均住院病人500余人次，住院及门诊手术年均300余台；常规收治房间隔缺损、室间隔缺损、食管闭锁、先天性膈疝等常见疾病，重点攻坚法洛四联症、大血管错位、肺动脉闭锁等疑难危急重症，率先开展产前产后一体化先心病治疗、食管牵引术（Foker’s术）治疗长段型食管闭锁等新技术新术式。科研方面，科室先后承担多项省级课题，获多项省级奖项，发表科研论文50余篇，其中SCI论文十余篇。
3、江苏省人民医院 小儿胸外科
该科室是国家教育部最早批准的硕士点，现为临床医学博士点、博士后流动站进站科室，为江苏省135医学重点学科建设单位、江苏省医院临床重点专科。科室现有3个病区、1个监护病房（ICU），共100张床位；有教授1人、副教授2名、主任医师5名、副主任医师9名，医师队伍中94%以上为博士、硕士研究生学历，护理人员共39人，其中副主任护师4人、主管护师16人，技术力量及梯队省内领先。科室在微创肺叶切除及精准肺段切除术、胸外科无痛及加速康复等领域居于国内领先、国际先进水平，广泛开展各类胸腔镜下肺、食管及纵隔手术，普胸年手术量近2000台，其中80%为微创手术。科室率先在国内开展胸腔镜肺段切除术，开创性应用3D-CTBA成像技术指导手术，多次受邀在亚太及全国会议上做专题报告、手术演示；承担多项国家级、省级重点研究课题，发表文章150余篇，获多项国家专利，出版多部学术专著。
