天津市武清区中医医院擅长的科室有脑病科、内分泌科、肿瘤科、心血管病科、肺病脾胃病科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、脑病科
天津市武清区中医医院脑病科是天津市中医重点专科，国家卫计委卒中规范化治疗协作单位，科室设有中医综合治疗室，科室配有中频药透治疗仪、吞咽神经和肌肉电刺激仪、熏蒸仪，红外线治疗仪等康复理疗仪器。科室主要治疗各种神经内科疾病，其中以“中风、眩晕”为特色优势病种，采用中医辨证及西医辨病相结合，充分发挥中医中药特色，制定个体化治疗方案，中风后遗症以醒脑开窍针刺法为主，结合穴位贴敷及中药外洗。
2、内分泌科
天津市武清区中医医院内分泌科是首批天津市重点专科、糖尿病首席医师培训基地，不仅承担天津市及周边地区代谢性疾病的预防、诊治工作，还担负天津地区的医疗教学、科研等任务。专业技术力量雄厚，与天津中医药大学第一附属医院、天津总医院、天津代谢病医院均为临床合作伙伴。专治糖尿病、甲状腺等内分泌代谢疾病，设有独立门诊和病床。
3、肿瘤科
天津市武清区中医医院肿瘤科是天津市卫生局批准的武清区第一个肿瘤专科。是“卫生部癌痛规范化示范病房”、“天津市级重点专科”，“天津市癌痛规范化示范病房”。该科以中西医结合综合治疗为基础，以中医中药、化疗、靶向治疗、热疗、内分泌治疗、生物治疗、微创治疗及中医非药物疗法（中药外敷、温灸、穴位注射、刺络拔罐、脐疗、针刺等）等多种综合治疗方法治疗中晚期肿瘤。
4、心血管病科
天津市武清区中医医院心血管病科是天津市卫生局重点专科，具有独特的治疗特色和优势病种，拥有心血管病中西医现代诊疗平台，对于心血管常见病多发病治疗效果较好，在武清区患者群中有一定的口碑。科室的治疗病种临床以冠心病、慢性心力衰竭、心律失常、高血压病等为主要优势病种，同时兼顾诊治急性冠脉综合征、急性心力衰竭、高血压急症、心房颤动、肾功能衰竭等疑难病症。
5、肺病脾胃病科
天津市武清区中医医院肺病脾胃病科专业技术力量雄厚，临床经验丰富，中西医结合治疗特色突出。科室配备有飞利浦V60进口无创呼吸机，多台床旁监护仪、雾化器、输液泵、胃肠电图仪等设备。脾胃科为市级重点专科、肺病科为区级重点专科，开展的重点病种有肺胀、喘证、咳嗽、胃脘痛、腹痛、呕吐等，有穴位贴敷、冬病夏治、中医定向透药治疗、微创胸、腹腔穿刺置管术、无创呼吸机通气技术、针灸、蜡疗等技术。
