南京肾病排名第一的医院是东部战区总医院，肾病需就诊于肾内科等科室。该医院肾脏病科是国内最早建立的肾脏病学科之一，也是国家肾脏病临床重点专科，学科连续多年位居复旦大学《中国医院最佳学科声誉排行榜》前2位。此外，肾内科比较好的还有南京医科大学第一附属医院肾内科和南京鼓楼医院肾内科，前者是全国最早建立肾脏病专科和血液透析中心的单位之一，后者是江苏省临床重点专科，肾脏病的诊治处于先进水平。
第一名：东部战区总医院-肾脏病科
东部战区总医院，国家肾脏疾病临床医学研究中心，是国内最早建立的肾脏病学科之一，现是一所集医疗、教学、科研为一体的享誉国内外的国家级肾脏病诊疗中心，也是国家肾脏病临床重点专科、全军肾脏病研究所、全军重点实验室、全军重中之中学科、江苏省肾脏病转化医学中心，江苏省肾脏病临床医学研究中心和国际肾脏病学会（ISN）中国培训基地。学科连续多年位居复旦大学《中国医院最佳学科声誉排行榜》前2位，蝉联“全国医院互联网影响力排行榜”肾病科第一名，先后获得无锡联勤保障部队集体二等功、感动东总等多项集体奖。
第二名：南京医科大学第一附属医院-肾内科
南京医科大学第一附属医院肾内科是江苏省临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床医学中心（肾脏病专业共建单位）、江苏省肾脏病专业医疗质量控制中心，是一个集临床肾脏病诊疗、肾脏病理、血液净化、临床与基础研究为一体的综合诊疗中心，是全国最早建立肾脏病专科和血液透析中心的单位之一。科室拥有设备先进的2个血液净化中心和2个腹膜透析中心，年透析人次约5万次。 该科以慢性肾衰竭继发甲旁亢、足细胞疾病（尤其是膜性肾病）、肾脏病理、血液透析、腹膜透析和生物人工肾等为重点，加强肾脏内科亚专科建设，并将先进经验积极向全国推广。
第三名：南京鼓楼医院-肾脏内科
南京鼓楼医院肾内科是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科。内设血液透析中心、家庭腹膜透析培训单元和专科门诊三个部门。采用临床-病理-治疗相结合的模式，肾脏病的诊治处于先进水平。在尿毒症的治疗中，将各种血液净化技术的优势有选择地应用于病人，并引用新技术，提高了尿毒症病人的5年存活率。
第四名：东南大学附属中大医院-肾内科
东南大学附属中大医院肾脏科为江苏省省级临床重点专科、江苏省医学重点学科，是国际肾病学会首批优秀肾脏姐妹中心、江苏省肾脏病临床研究中心、国家肾脏病临床研究中心核心科室、全国慢性肾脏病管理示范中心，是国内著名的肾脏病临床诊治、教学和科研中心。中心积极引进国内外各种先进透析技术，透析质量高，对各种透析并发症处理经验丰富，患者长期生存率居国内领先水平。
第五名：南京市第一医院-肾内科
南京市第一医院肾内科是南京市医学重点专科、中华医学会腹膜透析实践培训基地、江苏省血液净化技术省级培训基地、南京市卫健委血液透析质量控制中心主委单位。擅长诊治各种原因引起的急、慢性肾小球疾病，特别是急性肾损伤、难治性肾病综合征、复杂性尿路感染及自身免疫性肾病等。
第六名：南京市第二医院-肾病内科
南京市第二医院肾脏内科拥有门诊、病房、血透中心，可为患者提供高质量的医疗服务。专业业务范围包括肾小球疾病的诊断和治疗、肝肾综合征的诊治、慢性肾脏病（CKD）并发症防治、血液净化、泌尿系感染诊治等。
第七名：江苏省中西医结合医院-肾科
江苏省中西医结合医院肾科是世界中医药学会联合会肾病专业委员会委员单位、中华中医药学会江苏肾病专业委员会副主任委员单位、中国中西医结合学会江苏肾病专业委员会常委单位。开展了肾穿刺活检病理诊断术、B超引导下肾囊肿穿刺术、中医特色疗法（如中药灌肠、中药薰洗、耳穴埋籽等），满足了不同层次不同病情患者的需要。
第八名：南京医科大学附属江宁医院-肾内科
南京医科大学附属江宁医院肾内科是南京市医学重点专科。常规收治慢性肾小球肾炎、肾病综合征、多囊肾、间质性肾炎、糖尿病肾病等患者；对急性中毒、脓毒血症、多脏器功能衰竭等急、危重症有较高的救治水平；熟练开展深静脉置管、肾穿刺活检术、腹膜透析管安置术等各项技术操作。
第九名：南京市中西医结合医院-肾内科
南京市中西医结合医院肾内科配备有进口血液透析机，拥有一支学历层次高、年纪轻、梯队结构合理的医护团队，擅长诊治慢性肾小球肾炎、急性肾盂肾炎、肾病综合征等疾病，还可开展如各种急慢性肾炎、急慢性肾衰竭、血尿、蛋白尿、水肿、高血压肾病、糖尿病肾病等疾病的诊治，为患者提供优质服务。
第十名：南京医科大学附属逸夫医院-肾内科
南京医科大学附属逸夫医院肾内科，病房主要收治急性、急进性、慢性肾炎，肾病综合征，肾小管、肾间质疾病，自身免疫性疾病及结缔组织疾病肾损害，包括系统性红斑狼疮性肾炎，血管炎肾损害，过敏性紫癜性肾炎，抗肾小球基底膜病等，和其他因素所致肾损害，如糖尿病性肾病，高血压肾病，多发性骨髓瘤肾损害，乙肝相关性肾损害，多囊肾等，同时可开展肾组织活检术，动、静脉内瘘成型术，颈内静脉穿剌置管术，腹膜透析置管术，腹膜透析等。
