哈尔滨医科大学附属肿瘤医院擅长的科室有骨外科、乳腺外科、妇科、神经外科、泌尿外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、骨外科
哈尔滨医科大学附属肿瘤医院骨外科曁黑龙江省骨与软组织肿瘤治疗中心是国内为数不多，省内唯一具有手术、放、化疗一体化专科特色的骨与软组织肿瘤诊疗中心。对骨外科常见病、多发病、疑难病诊治同时，国内较早开展了以手术为主配合放疗、化疗、生物治疗等综合治疗模式。
2、乳腺外科
哈尔滨医科大学附属肿瘤医院乳腺外科获“全国青年文明号”、“黑龙江省青年文明号”、黑龙江省红十字会“爱心病房”等多项荣誉。2020年获批黑龙江省乳腺癌临床医学研究中心，为省内唯一的肿瘤医学研究中心，承担乳腺癌临床诊疗研究重任。采用国际先进的外科手术为主、多学科综合治疗模式，在黑龙江省最早开展乳腺癌改良根治手术、乳腺癌腔镜手术、乳腺癌保乳手术、前哨淋巴结活检等。
3、妇科
哈尔滨医科大学附属肿瘤医院妇科是集医疗、教学、科研为一体的现代化妇科疾病诊疗中心，是与国际技术相接轨的哈尔滨医科大学校级重点学科，临床医学博士学位、硕士学位授权点、博士后流动站。自1972年建科以来，经过几代医护人员的不懈努力，在国内妇科肿瘤界已形成自己的特色和优势。其中单操作孔腹腔镜手术达国际先进水平。
4、神经外科
哈尔滨医科大学附属肿瘤医院神经外科是国内肿瘤专科医院最早成立神经外科的病房之一。是黑龙江省抗癌协会神经肿瘤专业委员会主任委员单位，黑龙江省神经肿瘤会诊中心。科室秉承微创、精准和多学科协作（MDT）的理念开展颅脑和椎管内各种良、恶性肿瘤的手术切除以及规范化、个体化的综合治疗。实现了神经肿瘤的“一站式”专病专治，是省内唯一开展这种治疗模式的科室，在医疗、教学、科研方面都具有很强的实力和巨大的影响力。
5、泌尿外科
哈尔滨医科大学附属肿瘤医院泌尿外科，是一支结构合理，技术力量雄厚的医疗、教学和科研队伍。拥有目前世界先进的Storz电切镜系统、Olymbus（带WBI模式）、Martin高频手术系统膀胱镜及输尿管硬镜及软镜系统、腹腔镜系统。泌尿外科在省内较早开展腹腔镜手术及腔内泌尿外科手术，能完成各类泌尿、男生殖系肿瘤的诊治，并且技术达到国内领先。