全国消化内科比较好的医院排名是上海交通大学医学院仁济医院、北京协和医院和上海长海医院，上海交通大学医学院仁济医院的消化学科是国家临床重点专科、上海市“重中之重”临床医学中心（A类）。北京协和医院的消化内科是一个高水平的消化病学；上海长海医院的消化内科为国家临床重点专科。
第一名：上海交通大学医学院附属仁济医院-消化内科
上海交通大学医学院仁济医院消化学科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家重点学科、上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质量控制中心等。消化科独立诊治的病种包括消化道出血、黄疸、腹水、门脉高压、胃食管反流病、贲门失弛缓症、急性胃炎、慢性胃炎、消化性溃疡、消化道息肉、胃肠道良恶性肿瘤、消化道狭窄、炎症性肠病、功能性胃肠病等。
第二名：北京协和医院-消化内科
北京协和医院消化内科是成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科。消化内科的亚专业齐全、人才济济、临床和实验室技术实力雄厚，是一个高水平的消化病学、内镜学以及疑难重症的诊治中心。科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。
第三名：上海长海医院-消化内科
上海长海医院消化内科为国家临床重点专科，军队“2110”工程重点建设学科、上海市医学重点学科,是集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名。目前学科年门诊量22万例次，年住院收治7000余例次，年完成内镜诊治例数9万例次。深入开展胆胰疾病内镜微创治疗，ERCP、EUS等关键技术达到国际一流水平；国际率先建立四项胰腺癌内镜诊疗新技术，提高胰腺癌患者的生存率和生存质量；国内率先提出内科治疗为主、多学科联合的重症急性胰腺炎“4M”综合救治模式；国内率先开展早期消化道肿瘤内镜微创治疗.....为我国消化内镜技术普及和快速发展做出重要贡献。
第四名：空军军医大学西京医院-消化内科
西京医院消化内科是国家消化系统疾病临床医学研究中心（全国3个中心之首）、国家重点学科、国家临床重点专科、肿瘤生物学国家重点实验室、科技创新优秀研究群体所在单位，是世界胃肠病学会在中国的唯一培训中心，连续十年位居全国最佳专科声誉排行榜第一。科室在应激消化系统疾病、消化系统肿瘤、慢性肝病、微创诊疗技术和炎症性肠病的诊治方面形成了鲜明的特色。
第五名：中国人民解放军总医院-消化内科
解放军总医院消化内科医学部是中华医学会消化病分会主任委员、中华医学会消化内镜学分会主任委员所在单位。2008年被评为北京市重点学科，2013年被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。在消化系统常见病，疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。在国际率先定名完善了消化内镜隧道技术，替代了一批传统外科手术；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代以切除器官为代价的手术模式；在肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究方面也处于国际国内领先地位。
第六名：四川大学华西医院-消化内科
四川大学华西医院消化内科凭借高超的医疗技术和一流的专业服务享誉西南地区乃至全国，以诊治胃肠、肝病及胆胰疾病著称，是西南地区消化疑难重症诊治中心，是国家重点学科及卫生部临床重点专科。科室的年门诊量达16万多人次。开展了多项国内领先的内镜下微创治疗技术，包括内镜下治疗消化道早癌（EMR、ESD),消化内镜联合外科腹腔镜、胸腔镜切除消化道巨大肿瘤，消化道大出血的内镜下止血，ERCP及相关治疗等，明显降低了治疗费用及住院时间。近年来开展了多项消化血管与非血管介入诊疗技术，其中经颈静脉肝内门体分流术及相关技术处于全国领先水平。
第七名：首都医科大学附属北京友谊医院-消化内科
首都医科大学附属北京友谊医院消化内科以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名，是首都医科大学消化病学系挂靠单位、国家重点(培育)学科、北京市重点学科。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，多次承担国家“十一·五”支撑计划、“863”计划、国家自然科学基金。连续多年被评为医院先进科室，2008年被评为全国“三八”红旗集体，2007年被评为医院先进党支部、北京市卫生局五四红旗团支部，2006年度被评为全国学习型先进班组、北京市学习型班组先进单位。
第八名：中山大学附属第一医院-消化内科
中山大学附属第一医院消化内科是国家临床重点专科，是全国消化内科及消化内镜专科医师培训基地、国家药物临床试验基地，近年来，逐渐成为医疗、教学、科研实力较强的学科，在全国乃至港澳地区及国际上均具有相当影响力和知名度。 消化内科由消化病区、内镜中心、消化实验室及消化专科门诊组成，年门诊量9万多人，年出院病人数超过1900人，内镜中心每年开展胃肠内镜诊治总数超过一万八千例次，总体实力达到国内先进水平。开展超声内镜7500多例，ERCP诊疗累计已超过2500例，小肠镜检查累计近400 例，胶囊内镜800余例。该科是国内较早开展幽门螺杆菌（Hp）研究的单位，在Hp流行病学、临床诊断治疗及免疫预防方面取得显著成绩，部分成果达世界先进水平。
第九名：南方医科大学南方医院-消化内科
南方医院消化内科为国家首批临床重点专科。2014年由广东省编制办批准设立南方消化病研究所。2015年入选广东省高水平大学重点建设学科。同时是国家药品临床研究基地专业科室、广东省“五个一科教兴医工程”重点专科、广东省首批重点专科。本学科作为华南地区乃至全国的优势和特色学科，已形成消化内镜介入诊疗、胃肠道早癌、胃肠动力、炎症性肠病、胆胰疾病、小肠疾病等特色亚专科。内镜中心作为华南地区最大的内镜培训基地，每年诊疗量达40000余例。
第十名：复旦大学附属中山医院-消化科
复旦大学附属中山医院消化科是卫生部首批临床重点专科、卫生部专科医师培训基地、国家药品监督管理局中山医院临床药理基地单位、内科博士点和博士后流动站。科室在2019-2021年中国医学院校科技量值消化病学专科排行榜均居第三。消化科设有两个独立的病区，共有核定床位106张，急诊周转部床位19张，年出院人数逾6500人次。科室的年门诊人数逾34万人次。