北京艾滋病科医院排名靠前的是北京协和医院、北京大学第一医院、首都医科大学附属北京地坛医院。
北京协和医院卫生部临床重点学科，复旦大学专科声誉榜第三，免疫低下人群感染诊治领域国内领先。北京大学第一医院中国现代西医皮肤科引领力量，在皮肤遗传病、皮肤肿瘤、疑难皮肤病诊疗与研究方面国际接轨。首都医科大学附属北京地坛医院北京市急性传染病收治核心单位，在重症传染病抢救、病毒性肝炎诊治、重大疫情处置领域国内知名。
1.北京协和医院 感染内科
医院最早成立的科室之一，为卫生部临床重点学科、感染性疾病博士学位授予点、国家级传染病药物临床试验基地。在复旦大学医院管理研究所最佳专科声誉排行榜排名第三。以疑难危重感染病诊治、不明原因发热、艾滋病及机会性感染、抗生素合理使用为核心特色。
2.北京大学第一医院 皮肤性病科
是北大医院首批科室，中国现代西医皮肤科的引领力量，已发展为国内一流、国际接轨的皮肤性病学医疗教学研究基地。科室名家云集，朱学骏教授在大疱性皮肤病领域国际知名，李若瑜教授为医学真菌专家，涂平教授是皮肤病理与疑难疾病诊治权威。
在皮肤遗传病、皮肤肿瘤、皮肤外科、皮肤美容等领域特色鲜明，诊疗技术达国际水平，是国内皮肤病诊疗的标杆科室之一。
3.首都医科大学附属北京地坛医院 感染性疾病诊疗中心
由感染一科、感染二科组成，是北京市急性传染病收治核心单位。感染一科赵红心主任在暴发性流脑、乙脑等重症传染病抢救及病毒性肝炎诊治领域造诣深厚；感染二科李兴旺教授为卫生部传染病临床专家组组长，陈志海主任为卫生部疾病预防控制专家委员会委员，团队在重大疫情处置中发挥关键作用。
4.中国人民解放军总医院 发热疾病科
中国人民解放军总医院发热疾病科形成完备的传染病筛查流程体系，以不明原因发热诊断为核心研究方向和临床特色，在国内具有较高知名度。开设发热专家门诊、普通门诊、隔离留观病房，在感染性疾病早期筛查、鉴别诊断领域经验丰富，为军队和地方发热患者提供专业诊疗服务，是区域内发热疾病诊疗的重要力量。
5.北京大学第三医院 感染疾病科
科室下辖肝炎门诊、发热急诊、肠道急诊等，拥有全负压病房25张，可独立开展床旁支气管镜操作。核心诊疗范围包括病毒性肝炎、免疫抑制人群肺炎、社区获得性肺炎、中枢感染等，对发热原因不明、淋巴结肿大原因待查的鉴别诊断经验丰富。为北京市住院医规范化培训基地、北大医学部八年制研究生传染病学教学基地。
