西安市第九医院擅长的科室有老年病科、心血管内科、泌尿外科、骨科等。
1、老年病科
西安市第九医院老年病科成立于上世纪七十年代，长期致力于老年性疾病的诊断、治疗、预防、康复，是陕西省、西安市重点专科、重点学科。经过多年的努力，已发展成集医疗、科研、教学、康复为一体、涉及多学科、多专业的综合性学科，在省内外患者中长期享有良好的声誉，在西安市同行业中具有较高的学术水平和较强的影响力。科室目前是陕西省老年医学专科联盟副主委单位、西安市老年医养结合学会老年医学专委会主委单位。
2、心血管内科
西安市第九医院心血管内科起步于建院之初的1958年，于2017年被评为西安市重点学科，2019年获国家卫健委医政医管局改善医疗服务先进科室称号。2019年科室作为“牵头单位”成立西安交通大学医学院附属西安市第九医院区域心血管专科联盟”。2020年科室获CDQI“国家标准化高血压中心”示范中心、“国家标准化胸痛中心”示范中心、“国家标准化房颤中心”示范中心、“国家标准化心衰中心”示范中心。
3、泌尿外科
西安市第九医院泌尿外科成立于上个世纪八十年代，2019年被陕西省卫生健康委确定为第二批省级临床重点专科建设项目，目前也是市重点专科、重点学科。科室在西安地区较早开展了经尿道腔内手术以及同种异体肾移植手术，目前腔内手术经尿道前列腺电切患者已达2000余人次，肾移植后患者生存最长已达21年。
4、骨科
西安市第九医院骨科是省级、市级重点专科、重点学科，分为脊柱、关节、创伤三个亚专业组。其中脊柱外科技术、显微外科技术力量水平在陕西地区乃至西北地区享有一定的盛誉。创伤骨科专业组主要以诊治四肢骨折、手外伤、显微外科、足踝外科疾患为主要临床任务及研究方向。关节专业组于上世纪80年代初即开展了人工股骨头置换术，经过多年的临床经验积累，关节置换手术技术日渐成熟，病例累计1000余例，术后并发症少，最大限度的保留了患者的关节功能。