上海呼吸科医院排名靠前的是上海交通大学医学院附属瑞金医院呼吸科、复旦大学附属中山医院呼吸科、上海市肺科医院呼吸与危重症医学科等。上海交通大学医学院附属瑞金医院呼吸科2021-2023年复旦版全国呼吸专科排名连续稳居第5位，建科已有70余年历史，是国内较早开展硬质气管镜、呼吸重症监护等前沿技术的单位之一。复旦大学附属中山医院呼吸科2021-2023年复旦版全国呼吸专科排名稳居全国前6位，由我国著名肺病学家吴绍青教授创立，是国内最早建立的肺病学研究室，在国内率先开创了肺功能检测、无创通气等多项呼吸领域诊疗技术。上海市肺科医院呼吸与危重症医学科2023年获复旦版全国呼吸专科声誉排名提名，2018年度中国医院科技量值（呼吸病学）位列全国第4，是长三角呼吸专科联盟盟主单位。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院 呼吸科
上海交通大学医学院附属瑞金医院呼吸科始建于1952年，2012年获评国家临床重点专科，同时是国家教育部重点学科（内科学）组成部分。科室现有医护人员近100名，其中高级职称医师13名，博导4名、硕导4名，历任专家多位曾担任中华医学会呼吸病分会全国副主委等核心学术职务，参与哮喘、慢阻肺、睡眠呼吸疾病等多项国家级诊疗指南与共识制定。科室开放床位110张，年门急诊量14万余人次，外地患者占比25%~30%，疑难危重疾病收治率达40%左右，建有4个国家级培训基地、5个专科诊疗中心，先后承担973计划、国家自然科学基金等多项国家级课题，多次斩获上海市科技进步奖、医学科技奖。
2、复旦大学附属中山医院 呼吸科
复旦大学附属中山医院呼吸科2012年入选首批国家临床重点专科，先后两次获评上海市“重中之重”临床重点学科，是上海市呼吸内科临床质控中心挂靠单位。科室现有正高职称14位（含博导8位）、副高职称9位，打造了具备国际影响力的“四有”学术团队，首创物联网医学模式，牵头制定亚太肺结节评估指南、全球首个AECOPD共识等国际国内诊疗规范。科室建有呼吸危重症、慢性气道疾病等五大亚专科，是国家卫健委基于电磁导航系统的早期肺癌精准诊疗试点单位，先后承担科技部重点研发、国家自然科学基金重点项目等60余项国家级课题，申请专利120余项、成果转化10余项，累计发表高水平论文500余篇，获多项国家及省部级科技奖励。
3、上海市肺科医院 呼吸与危重症医学科
上海市肺科医院呼吸与危重症医学科1995年由著名呼吸病学专家何国钧教授倡议建立，2018年更名为现用名称，是国家临床重点专科、国家呼吸与危重症规范化建设三级医院示范单位、上海市重中之重临床重点学科。科室开放床位156张（含RICU床位28张），年门急诊服务15万余人次，是全国支气管扩张症诊治与研究联盟联合盟主单位、长三角呼吸专科联盟盟主单位，建有3个专科诊疗中心及7个专病门诊。团队现有医师38人，其中正高6人、副高11人，学科带头人徐金富教授为国家杰青，团队承担国自然杰出青年项目等国家级课题20余项，执笔或参与制定指南共识十余项，每年举办叶园呼吸高峰论坛等全国性学术会议与学习班，为全国培养大量呼吸专科人才。
4、复旦大学附属华山医院 呼吸科
复旦大学附属华山医院呼吸科始建于1956年，是国家PCCM规范化培训优秀基地、PCCM专修基地及肺功能单修基地，也是上海市医学会呼吸病学专科分会肺血管病学组组长单位。科室在总院、虹桥、浦东、宝山四个院区同步开设门诊及病房，开放床位超80张（含RICU），打造了肺血管病与介入、呼吸危重症、呼吸介入、肺小结节与肺癌诊疗、间质性肺病、呼吸睡眠、呼吸慢病与肺康复等齐全亚专科，常规开展ECMO、经皮肺动脉球囊扩张成形术、三四级呼吸介入等前沿技术。团队现有博导3名、硕导2名，正高5名、副高5名，新冠疫情期间整建制接管武汉同济医院光谷院区ICU，总结的危重型新冠肺炎多学科救治华山模式获得国家层面肯定，近年累计承担国家级、省部级课题10余项，科研经费近900万元，发表SCI论文超50篇，获专利超10项。
5、上海交通大学医学院附属仁济医院 呼吸科
上海交通大学医学院附属仁济医院呼吸科是上海交通大学医学院博士授予权学科、上海市呼吸专科培训基地、上海市住院医师规范化培训基地，也是上海市医学会间质性肺病学组组长单位。科室在东院、西院、南院均有建制，打造了以肺癌综合诊治、间质性肺病、慢性气道炎症性疾病、肺部感染、胸膜疾病为核心的亚专业体系，开设肺部肿瘤、慢性气道疾病、戒烟、肺部感染等专病门诊，配备肺功能室、气管镜室，可开展全套肺功能检测、超声支气管镜检查、经皮肺穿刺、局麻下胸膜活检与固定术等各类诊疗技术。科室绝大多数医师拥有硕博学位，形成了结构合理的人才梯队，新冠疫情期间，近半数业务骨干在科主任蒋捍东教授带领下驰援武汉雷神山医院及上海市公共卫生中心，圆满完成抗疫救治任务。
