北京肿瘤科医院排名第一的是中国医学科学院肿瘤医院，该医院肿瘤内科是我国第一个肿瘤内科专业科室，为我国最早的国家级抗肿瘤新药临床研究基地，稳居复旦专科版榜肿瘤内科第一名。此外，北京肿瘤科医院好的还有北京大学肿瘤医院、北京协和医院，分别位列第全国四名和第十名。
1、中国医学科学院肿瘤医院
该医院是国家肿瘤临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。能够全面开展手术、化疗、放射治疗、介入治疗等多种治疗手段，在肺癌、食管癌、乳腺癌、恶性淋巴瘤、大肠癌、肝癌、胰腺癌等多种肿瘤的多学科规范化综合治疗位居国内前列，部分达到国际先进水平。在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》上位列肿瘤内科专科声誉第一名。
2、北京大学肿瘤医院
该医院是一所由北京大学、北京市医院管理中心共管的三级甲等肿瘤专科医院。医院自成立以来，致力于胃癌、乳腺癌、肺癌、结直肠癌、恶性黑色素瘤、头颈部肿瘤、骨肿瘤、软组织与腹膜后肿瘤等各种肿瘤的诊断、综合治疗和转化研究。其中胃癌防治体系方面的研究两次获得了国家科技进步二等奖。在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》上位列肿瘤内科专科声誉第四名。
3、北京协和医院-肿瘤内科
该医院肿瘤内科是国家卫计委临床重点专科建设项目科室，致力于各种实体肿瘤的诊断和综合治疗，包括乳腺癌、肺癌、淋巴瘤等，开展化疗、热灌注化疗、分子靶向治疗和免疫治疗等内科疗法，在罕见肿瘤、老年肿瘤、有合并症的肿瘤等复杂疑难病例诊治上积累了独到的经验。在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》上位列肿瘤内科专科声誉第十名。
4、301医院（中国人民解放军总医院）-肿瘤内科
该医院肿瘤内科是以肿瘤化疗为主的肿瘤综合治疗科室，在肺癌、乳腺癌、胃肠道肿瘤、头颈部肿瘤等实体肿瘤的诊治、研究、护理等方面在国内外具有较大的优势和特色。在国内首先开展肿瘤患者PICC规范化置管及维护，积累了丰富的临床经验。
5、北京大学第三医院-肿瘤化疗科
该医院肿瘤化疗科主要从事放射性工作人员健康体检、急慢性放射病的临床诊治工作及核与辐射事故急救中心及基地建设。在大肠癌肝转移的预防及治疗、乳腺癌的内科治疗、肺癌的姑息治疗等方面取得了初步成果，积累了丰富的临床经验。