北京儿童眼科医院比较好的是首都医科大学附属北京同仁医院、北京协和医院、北京大学人民医院，首都医科大学附属北京同仁医院斜视与小儿眼科，在国内斜弱视专业居于前列，对于特殊性斜视、难治性弱视等疑难复杂专科疾病有丰富的诊疗经验。北京协和医院眼科被誉为“东方的维也纳眼科中心”；北京大学人民医院眼科是是国家重点学科、国家重点专科。
第一名：首都医科大学附属北京同仁医院-斜视与小儿眼科
首都医科大学附属北京同仁医院斜视与小儿眼科，在国内斜弱视专业居于前列，对于特殊性斜视、难治性弱视等疑难复杂专科疾病有丰富的诊疗经验。临床医学上具有强大的专科优势，医疗水平国内领先，与国际接轨。发表的相关论著获国家科技进步2等奖1项，获北京市科技进步三等奖2项，北京市卫生局科技成果二等奖1项。
第二名：北京协和医院-眼科
北京协和医院眼科是我国最早成立的眼科，成立后许多国际一流的眼科学家曾在这里主持工作，被誉为“东方的维也纳眼科中心”。现在的协和眼科已成为专业齐全，融医、教、研为一体的眼科基地，整体水平在国内处于领先地位，一些项目达国际先进水平。是国内首批硕士、博士学位培养点和博士后流动站，首批住院医师规范化培训基地。协和眼科设有眼底、青光眼、角膜和屈光、神经眼科、葡萄膜炎、眼视光和斜视弱视、眼整形和泪道、眼遗传、眼科流行病与防盲专业专业组，还设有眼科实验室供临床和研究使用。
第三名：北京大学人民医院-眼科
北京大学人民医院眼科是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化眼科临床与研究基地，是国家重点学科、国家重点专科、国家药品监督管理局眼科药物研究基地，是全国首批获得医学技术眼视光学一级学科博士学位授权点的5所高校之一，多年来在全国眼科机构排名复旦排行榜中稳居全国前十。科室亚专业齐备，在临床诊疗技术方面始终处于国际水平，是国内最早开展微创玻璃体手术、早产儿视网膜病变综合防治、巩膜放射敷贴器局部放疗的单位之一，在婴幼儿先天性白内障诊治、复杂白内障手术、屈光性白内障手术领域处于国内领先水平。
第四名：中国人民解放军总医院-眼科
解放军总医院眼科医学部是集眼科医疗、教学、科研、保健、预防、康复于一体的现代化综合眼科。是北京市眼科住院医师培训基地，国家重点（培育）学科，国家重点专科军队建设项目，国家临床药物试验基地。眼科医学部下设眼科、神经眼科、眼眶病外科3个亚专科和眼科研究所，包括白内障、青光眼等11个亚专业组。在国内外享有较高声誉，具有领先优势的特色亚专科和诊疗项目：濒危眼外伤救治、复杂白内障诊治、人工角膜手术、神经眼科、泪器病、眼眶病诊治等。
第五名：北京大学第一医院-斜视与小儿眼科
北京大学第一医院斜视与小儿眼科，是全国第一个成立的以儿童眼科疾病为专业研究方向的独立学科，拥有多名全国知名的小儿眼科学专家，由于在儿童弱视、斜视的早期治疗方面获得的成就及开创性工作，被授予国家科技进步3等奖，并多次获得国家卫生部、教育部、北京市、北京医科大学科技成果奖，被列为卫生部10年百项推广成果。
第六名：北京大学第三医院-眼科
北京大学第三医院眼科是集眼科临床、教学和科研于一体，为国家重点学科、北京市重点实验室、国家临床药理试验基地。眼科中心下设11个亚学科，分别与国际眼科亚科相对应，即：玻璃体视网膜科、白内障与老年眼病科、角膜科、青光眼科、准分子激光科、斜视与小儿眼科、眼底病内科、眼整形美容科、眼外伤科、干眼病科和神经眼科。中心拥有世界最先进的眼科设备及眼科医疗、教学和科研平台，跻身于国内前十最主要眼科机构之一。
第七名：北京天坛医院-眼科
北京天坛医院眼科医疗水平先进，医疗设备齐全，拥有多个专业学科组，有白内障组、眼底病组、青光眼组、眼眶病及眼部肿瘤、神经眼科组等，开展了大量的临床和科研工作。曾多次获得年度天坛医院院级先进教研室荣誉。获得首都医科大学课题和天坛医院院级课题多项。
第八名：首都医科大学宣武医院-眼科
首都医科大学宣武医院眼科下设眼屈光、角膜及泪道疾病、白内障、青光眼、眼底病和神经眼科、眼眶病及眼整形专业等七个专业，发挥该院神经学科和老年医学基础力量雄厚、多学科合作的团队优势，采用先进技术及设备治疗各种眼科疾病，为患者提供高质量的医疗服务，尤其在老年眼病的防治方面独树一帜，为老年患者提供了大量便捷可行的就诊模式。
第九名：首都医科大学附属北京儿童医院-眼科
首都医科大学附属北京儿童医院眼科，临床技术精湛、仪器设备先进、具有较高的学术水平，在小儿斜弱视、近视、泪道疾病、眼整形、眼肿瘤、眼底病筛查、视神经疾病、遗传性眼病、特种眼镜验配等方面居国内领先水平，有的接近或达到国际水平。
第十名：中日友好医院-眼科
中日友好医院眼科是医院“中西医结合学科群”的重要组成部分。目前承担“金明国家级名老中医工作室”、北京市“中医眼科特色诊疗中心”等工作。目前科室分成8个亚专业，有配套且完善的眼科功能检查室及规范的中西医结合临床路径。除了能开展复杂眼底病变、复杂眼外伤、全飞秒激光及准分子激光近视矫正等手术治疗，又开展了多项中医眼科多项传统技术，在中西医融合方面极具特色与优势。