广东省第二中医院擅长心血管科、脑病科、妇科、肿瘤科、针灸康复科。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、心血管科
是国家中医药管理局重点中医心血管专科、国家级中医心病学重点学科建设单位，设有院级高血压及相关疾病重点研究室。致力于冠心病、心力衰竭、高血压病的研究，狠抓心血管病介入、心脏电生理等技术，不断提高对心血管急危重症的救治力度，在心血管疾病的诊治方面积累了丰富的临床经验。
2、脑病科
是国家中医药局重点专科、广东省重点专科。充分发挥中医药特色，并引进现代康复理念，形成了一病多治的完整的中风病防治体系。创立了独具特色的“八位一体”中风病综合防治体系，即集内服、外治、针推、心理、早期康复、预防、宣教、护理于一体，并引入“卒中单元”管理模式，为中风病患者的优质生存和迅速康复创造了有利的条件。
3、妇科
是省中医重点专科建设单位，月经病专病为院级重点中医专病。科室除运用传统中医辨证论治理论进行各种妇科疾病的诊疗外，病区还开展各类妇科手术，尤其在月经病、不孕症、宫颈病、异位妊娠、先兆流产、急慢性盆腔炎治疗方面经验丰富。
4、肿瘤科
是广东省中医肿瘤重点专科，是世界中医药学会联合会癌症姑息治疗研究专业委员会常委单位。在治疗方面既突出中医特色，又紧跟国内外最新治疗方法，其中放射性粒子植入治疗达到国内领先水平。
5、针灸康复科
是国家临床重点专科建设项目、国家中医药管理局中医康复学重点学科、广东省中医药局重点专科和中医名科。坚持以中医传统的针灸推拿等治疗手段为主，结合现代康复经典康复技术，辅以心理治疗，擅长中风病急性期即行针灸、推拿等传统等传统治疗，最大限度地减少了脑血管意外所致的残疾。
