上海小儿神经外科比较厉害的三个医院是复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属新华医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心。
复旦大学附属儿科医院 神经外科是我国最早开展小儿神经外科工作的单位之一，多项技术处于国内领先。上海交通大学医学院附属新华医院 小儿神经外科是国家临床重点专科，国际知名且手术疗效达国际先进。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 神经外科是国内最早独立创建的小儿神经外科之一，专科声誉卓著。
1、复旦大学附属儿科医院 神经外科
是我国最早开展小儿神经外科工作的单位之一，为儿外科国家重点专科重要组成部分，卫生部癫痫外科特色专科建设项目、上海市儿童创伤中心所在科室。诊疗范围齐全，擅长后颅窝肿瘤等复杂颅脑肿瘤、神经系统畸形、重度颅脑外伤、复杂脑血管疾病及难治性癫痫的外科治疗，率先开展多项微创及特色技术。
科研实力雄厚，相关成果发表于国际顶级期刊，承担多项国家级、市级科研项目，医教研协同发展。
2、上海交通大学医学院附属新华医院 小儿神经外科
是国家临床重点专科、教育部“211工程”重点学科组成部分，隶属于上海市“重中之重”小儿外科中心，是国内最早的小儿神经外科进修医师培训基地，国际多个学术组织常委或成员单位。擅长儿童颅脑肿瘤微创手术、先天性神经疾病显微治疗、功能神经外科疾病规范化治疗等。
牵头国内儿童脑肿瘤协作组，与国际顶尖儿童医院深度合作，手术量及疗效均达国际先进水平，设备配置领先。
3、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 神经外科
是国内最早独立创建小儿神经外科的儿童专科医院之一，与国际多家知名儿童医院建立长期合作关系。学科带头人鲍南教授是国内小儿神经外科领军人物，擅长先天性神经系统畸形、颅颌面畸形、中枢神经系统肿瘤等诊治。狭颅症手术量、难度居国内领先，颅脑肿瘤全切除率高，组建MDT团队提供个性化治疗，在颅脑创伤、功能神经外科、脑血管外科领域经验丰富，声誉卓著。
4、上海市儿童医院 神经外科
由我国儿童神经外科创始人沈玉成教授创建，是国内最早开展儿童脑肿瘤和神经系统先天畸形治疗的单位。在陈若平主任带领下，擅长各类复杂难治性小儿神经外科疾病诊治，率先开展婴儿期颅缝早闭手术、儿童介入神经外科等技术。神经电生理技术广泛应用于临床，显著提升手术成功率，在儿童颅脑创伤、脑瘫、癫痫等诊疗上特色鲜明，随访模式完善，科研教学同步发展。
