北京消化科医院排名靠前的是北京协和医院消化内科、中国人民解放军总医院消化内科、首都医科大学附属北京友谊医院消化内科等。北京协和医院消化内科连续多年稳居复旦版全国消化专科排名第2位，是由我国现代内科学泰斗张孝骞、知名消化病专家陈敏章教授牵头培育的国内外影响力突出的消化重点学科；中国人民解放军总医院消化内科连续多年位列复旦版全国消化专科排名前5，是中华医学会消化病学、消化内镜学两个分会主任委员依托单位，拥有国际顶尖水平的消化内镜中心；首都医科大学附属北京友谊医院消化内科连续多年位列复旦版全国消化专科排名第7位，是国家级重点培育学科，消化内镜微创诊疗特色鲜明。
1、北京协和医院 消化内科
该科室2021-2023年连续稳居复旦版全国消化专科排名前2位，是医院成立最早的专科之一，由我国现代内科学泰斗张孝骞教授、著名消化病专家陈敏章教授亲自领导培育，经几代人耕耘发展成为在国内外均有较强影响力的重点学科。科室亚专业设置齐全，人才梯队完备，临床与实验室技术实力雄厚，是国内高水平的消化病学、内镜学及消化系疑难重症诊治中心，目前设有面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心、胃肠功能和动力疾病诊治中心，承担全国消化疑难重症的诊疗攻坚职责。
2、中国人民解放军总医院 消化内科
该科室包含总院消化内科医学部及海南分院消化内科，2023年位列复旦版全国消化专科声誉排名第4，是中华医学会消化病分会、消化内镜学分会主任委员所在单位，2008年获评北京市重点学科，2013年入选全军首批国家临床医学专科中心建设单位。科室设7个派驻科室，亚专业覆盖消化内镜超级微创、各消化系疾病亚方向及肠道微生态领域，拥有规模、技术领先世界的国际一流消化内镜中心，先后斩获国家科技进步二等奖等多个高等级科研奖项，在消化内镜隧道技术、超级微创理念创新方面走在国际前沿。
3、首都医科大学附属北京友谊医院 消化内科
该科室2021-2023年连续位列复旦版全国消化专科声誉排名第7位，是国家重点（培育）学科、北京市重点学科，为首都医科大学消化病学系挂靠单位，以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入（微创）诊断与治疗为核心特色，诊疗水平国内领先、国际知名。科室先后承担国家“十一五”支撑计划、“863”计划、国家自然科学基金等多项国家级科研项目，长期承办北京国际消化疾病论坛、全国消化医师进修班，打造的“‘友谊’消化直通车万里行”项目入选卫生部第二轮十年百项计划；2003年联合肝病、普外科力量成立北京市消化疾病中心，构建了消化疾病一站式综合诊疗体系。
4、北京大学第一医院 消化内科
该科室2023年获复旦版全国消化专科声誉排名提名，前身为医院内科消化专业组，由曾任中华医学会消化病学分会主任委员的贾博琦教授、北京医科大学“名医”张树基教授于1978年正式转建为独立消化科，同步建立消化内镜室与消化实验室。科室1986年成为国家教委消化病学博士点，1995年被卫生部认定为消化专业临床药理基地，同时是国家认证的全科医师、住院医师和专科医师规范化培训基地。历经数代学科带头人建设，科室目前已建成规范的消化内镜诊疗室、消化实验室、胃肠动力学检查室及特色专病门诊，在医教研各领域积淀深厚。
5、北京大学第三医院 消化科
该科室是第一批国家临床重点专科，2023年获复旦版全国消化专科声誉排名提名，1958年随医院建院成立，是国内最早开展消化内镜检查技术的单位之一，目前已发展为集门诊、病房、内镜中心、配套实验室为一体的北京大学消化疾病研究中心，也是全国消化医师正规内镜培训基地、国家首批ERCP培训基地。科室开创了多项国内消化内镜技术先河，先后承担国家七五至十二五科技攻关、国家自然科学基金、国家重点研发计划等重量级课题，在胃癌早期筛查、幽门螺杆菌诊疗、消化内镜创新技术等领域的研究成果，先后斩获教育部科技进步二等奖、中华医学科技进步二等奖等多个高等级奖项。
